目前该库覆盖了19个物种的通路研究,包括经典的代谢通路、信号转导、基因转录调控、细胞凋亡与疾病。数据库引用了100多个不同的在线生物信息学资源库,包括NCBI、Ensembl、UniProt、UCSC基因组浏览器、ChEBI小分子数据库和PubMed文献数据库等。(具体见下图和表)
一、REACTOME通路数据库使用 1 Pathway Browser 现在就来体验一下!在首页点击Pathway Browser进行通路检索。 1.1 界面介绍
1 )在此方框中,结合滚轮可以放大缩小通路图; 2) 也可以通过右下角的操作按钮来放大缩小通路图,通过方向按钮调节整个画面; 3)右上角可将当前画面下载成PNG或者PPTX(你和PPT高手之间,就只差一个iSlide)的格式; 4) 网页右侧还有半隐藏的一个工具,鼠标放上会弹出,在这里可以修改通路图的背景色等;
1. 可以通过特定关键词(比如基因、小分子、代谢产物)检索相关通路,这里以Developmental Biology为例,直接在左侧点击即可。 Pathway通路都是一层层往下递进的,最高层的通路含有太多路径,无法单个详细显示。从而该数据库以形象生动的图形化方式将Developmental Biology通路下9个子通路简洁地展现出来。 刚刚所说的标记3的展示框中,点击左上角第三个图标可以切换pathway overview和open pathway diagram两种视图效果。点击一下,便可以切换到烟花状的有向无循环图形式。 2. 根据自己的研究选择感兴趣的通路,在此我们以HOX基因在后脑发育的早期胚胎发生过程中的激活为例。 3. 在Activation of anterior HOX genes in hindbrain developmentduring early embryogenesis通路中有许多关键的反应,点击一个感兴趣的,视图界面跳转至对应的通路图。 1.2 Details Panel1. Discrimination 此部分是对选定通路的概述、研究进展和重要发现,参考资料和作者信息等。 2. Molecules 展示了通路中包含的所有分子,包括化学成分、蛋白、基因。点击右侧 3. Structures 对于一个反应,此处展示的结构图来自Rhea数据库;对于简单的分子,展示的结构图来自ChEBI;而若是一个含蛋白质的通路,则显示来自PDBe的蛋白3D结构。 4. Expression 此部分展示参与上面所选通路的所有基因表达情况,表达数据来自基因表达图谱。可点击 2 Analyze Data该数据库除了可以检索通路外,在首页点击Analyze Data,还可进行基因分析。 该工具支持两种类型的分析,第一种是分析一系列基因涉及到哪些具体的通路,另外一种是对比物种间的通路差异。两种分析显示的方式相同,都通过对通路标黄来显示(颜色可自行调整)。这里我们利用数据库中提供的数据查看了某一些基因的通路,结果如图所示。 二、Cytoscape里reactomeFIPlugIn 插件使用Cytoscape是一个功能强大的网络互作分析工具,之前有介绍。在腾讯课堂 (https://bioinfo.ke.qq.com)有免费视频可看。 在Cytoscape Apps里有众多的插件工具用来实现不同的分析功能,同时还能与很多数据库关联,直接在电脑本地调用数据库中的数据进行网络分析,可以说是非常的方便啦! 下面介绍的reactomeFIPlugIn插件便可以实现利用cytoscape在本地调用reactome数据库中的数据,让用户轻松在软件中进行各种分析。 1. 首先按照下图所示步骤选择 2. 安装好的插件将保存在Apps下,在工具栏依次点击 3. 选择感兴趣的Pathway,点击鼠标右键,在弹出菜单中选择 4. 在上述右键弹出菜单中选择 5. 在鼠标右键弹出的菜单栏中选择 Show Diagram:如果选定的路径有自己的路径图,可以在弹出菜单中选择 View in Diagram:如果选定的路径布局为较大的路径中的子路径,则可以在弹出菜单中选择 6. 在Cytoscape中央通路图的空白区域点击鼠标右键,选择弹出菜单中的 7. 鼠标右键在跳出的菜单栏中选择 1)基因富集的通路根据FDR值以不同的颜色背景凸显; 2)基因富集的通路信息在Table Panel中展示; 3)使用 后面的皆可以参考https://bioinfo.ke.qq.com免费视频中Cytoscape的使用来把基因表达信息或修饰信息映射到网络图进行更多展示了。 |
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