在ALS患者NAD+基因预后模型的文献中,提供了NAD+代谢相关基因的集合 来自KEGG和Reactome两个数据库,本文主要介绍下从这两个数据库获取基因列表的方法 1. KEGG 在该数据库中,代谢通路hsa00760表示烟酸和烟酰胺代谢通路,链接如下 https://www./dbget-bin/www_bget?pathway+hsa00760 从该链接可以看到,通路下包含了许多个基因 通过KEGG API, 可以一次性获取该通路的所有基因列表 http://rest./get/hsa00760 2. reactome 在该数据库中,R-HSA-196807表示烟酸代谢通路,链接如下 https:///content/detail/R-HSA-196807 通过该数据库的PathwayBrowser浏览器可以查看该通路下的所有基因,链接如下 https:///PathwayBrowser/#/R-HSA-196807&DTAB=MT 选择Mulecules,可以下载该通路下的所有蛋白,化学小分子和药物信息,示意如下 将这两个数据库的基因列表合并,去重之后就得到了完整了NAD+代谢相关基因的集合。 |
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