转录因子和靶基因系列（一）转录因子调控哪些下游基因，有实验证据的线索

转录因子及其调控的靶基因是研究转录调控的核心问题。

我们将跟大家分享一些好用的工具，进一步了解感兴趣的转录调控通路。

那就从转录因子结合哪些区域，调控哪些下游基因开始吧！

ChIP是找转录因子结合位点的经典实验，目前CistromeMap知识库（http:///db/#/）收录了14000多套人和小鼠的ChIP-seq数据，包含800多个转录因子。

您感兴趣的转录因子可能已经有人做过ChIP-seq实验喽！为您找靶基因提供了有实验证据的线索。

怎样查询我的转录因子是否有现成的ChIP-seq数据呢？

在CistromeMap知识库（http:///db/#/）的Factors中滚动鼠标可以浏览factor（转录因子或组蛋白修饰），或直接在contining word栏搜索转录因子的名字。

注：名字一定要用official name，可以在http://www.ncbi.nlm./gene里获得。

以YY1为例，点击YY1，Results栏里出现YY1的ChIP-seq数据集，包括在哪个细胞里面做的，文章在哪一年发表在哪个期刊。

点击你感兴趣的那一行，下面出现该套数据的简介，包括处理条件，对照是什么，哪个物种，数据来源的文章，细胞系，细胞类型，组织类型，疾病类型。

数据质量评价在右侧，绿色表示质量好，绿色的圆点越多，质量越好。

在浏览器中浏览峰图，点击WashU或UCSC Browser。在go前面输入您感兴趣的基因名字，会跳到该基因附近的区域，查看YY1在该基因附近的结合情况，高的峰表示该位点有较强的转录因子结合。

设计个ChIP-qPCR引物，验证一下在你感兴趣的细胞和处理条件下YY1的结合吧！

页面下方是QC reports（质量评估）的几个参数，一眼扫过去，那个conservation profile中间是个尖尖的峰，旁边的信号低，质量是好的。

ChIP拉下来的一定是该TF（factor）的结合区域吗？

QC motifs是从这套数据中YY1结合区域中找到的已知motif和新的motif。会看到排名第一的就是YY1，make sense，随后还有其他TF的motif，可能该TF跟YY1在同一个复合物中哦！不过也不排除YY1的抗体非特异结合了其他的TF。

点击链接，能看到motif的漂亮logo。

说好的靶基因呢？

靶基因就在putative tarets里面，按照可信度从高到低排列，看看您感兴趣的基因是否在列表里面。

哪个转录因子跟我这个转录因子有相似的结合特征呢？

相似的Factor，预示着他们可能有着相似的功能，甚至两者之间有结合（co-factor, partner）哦！

Find similar datasets，里面列出了相似性从高到低排列的ChIP-seq数据集。

做个CoIP验证一下，给老板来个big surprise吧！