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lncRNA那么那么火，今年有456项的lncRNA国自然项目，该方向的总投资已经达到了令人发指的1.9亿元！！简直要爆炸！
如果对lncRNA的研究设计还有一些疑问，那么可以看看这篇文章了。我们就按照前面的lncRNA研究8个主题来看这篇文章。 LIMT is a novel metastasis inhibiting lncRNA suppressed by EGF and downregulated in aggressive breast cancer (EMBO Mol Med,24 June 2016 IF=9.5) 下载链接：http://pan.baidu.com/s/1eRZlaiY 看题目：作者发现了一个转移抑制相关lncRNA-LIMT，它受到EGF的抑制，在侵袭性乳腺癌中是低表达的。 本文的通讯作者是来自魏兹曼科学研究所的Yosef Yarden，该课题组主要从事生长因子研究。 http://www./Biological_Regulation/Yossi_Yarden/ “生长因子和它们的跨膜受体对肿瘤生长过程的所有阶段都起到很重要的作用，从刚开始的克隆，血管新生到最后的转移。这表明了生长因子通路可能会为信号阻断、肿瘤抑制提供一些潜在的位点。” 那么让我们看一下，这与我们常规的研究lncRNA套路是否有区别？ 筛选基底样细胞EGFR诱导的lncRNA，结合3000多例以上乳腺癌病人转录组情况，确定了11个具有预后指导价值的lncRNAs。最终功能揭示了LIMT为一个高度保守的lncRNA，在基底样细胞肿瘤及HER2阳性肿瘤是表达几乎缺失，并且其表达与预后成正相关。 EGF通过增加本身及LIMT启动子区组蛋白去乙酰化作用来下调LIMT的表达。LIMT能抑制肿瘤转移。 1、初筛EGF诱导差异的lncRNA MCF10A细胞用EGF处理，并在相应的时间间隔使用表达谱芯片检测这些RNA的表达量。 这部分一样，都是用芯片来筛差异表达的分子。 2、临床上乳腺癌病人的lncRNA表达情况 （对每个有EGF相关的lncRNA分子都做了临床相关性的曲线图）随后找到了11个跟病人存活率最相关的11个lncRNA。 发现EGF下调LIMT预示着短存活率，且能上调另外一个分子LOC388796的表达，该分子跟预后呈负相关。再验证了LIMT无编码能力，且高度保守。 “这里分子最终的确定可能是做了后期试验才定的，可以这么说是由后面的第三部分内容定下了第二部分的分子选择。就是LIMT这个名字也是直指该分子的功能：抑制转移。” 这部分内容也差不多，找分子，验证编码能力，验证保守型。 3、分子找到了，下面是研究它的功能 LIMT能抑制细胞运动，阻遏肿瘤转移。 这里干扰作者用了siRNA和shRNA，试验结果也表明了，shRNA沉默效率更高。有时候，可能出现干扰效率很低的情况，这时候有可能是靶分子是核定位的。所以在第二部分的时候，我们也可以通过细胞染色，做一个分子定位实验。 细胞干扰和过表达实验显示出LIMT能抑制细胞的运动和侵袭能力。 作者使用了一种EGFR下游的小分子抑制剂U0126，它能特异性阻断下游的RAS-ERK通路。通过实验发现，U0126能恢复LIMT的表达。这表明了RAS-ERK通过介导了EGR下调LIMT的作用。 这里也一样，细胞功能实验。 作者这里多了一些机制方面的内容。 动物体内实验在下面。 过表达LIMT能抑制肿瘤细胞通过外周血循环系统转移到肺部。即LIMT体内实验抑制肿瘤转移。 4、保守性分析 保守性分析，发现物种距离越近序列保守性越高。 且发现，通过EGF处理后，组蛋白第27号赖氨酸的乙酰化水平降低了（去乙酰化水平上升）。 5、通路层面：筛选LIMT下游靶基因 基因芯片筛选到了LIMT干扰或过表达后具有差异表达的48个基因。其中包含了一些参与细胞迁移的分子：TGFB2, SERPINB2, PTPRZ1,RHOB, IL-24。 这边作者说了：接下来的研究，会去分析它们之间具体的一个作用形式，是直接结合还是间接作用。 这里作者提到了一个lncRNA与miRNA拉关系的方式（因为lncRNA可作为miRNA海绵嘛），大家可能都知道：通过干扰或过表达lncRNA分子，然后用芯片去做miRNA差异表达，然后再挑下游分子，最后做该分子的功能实验。 这部分内容也差不多，只是本文并没有做深入的研究。 6、LIMT的组织水平情况 实验发现，LIMT在正常的乳腺、肺、血液中的表达量较高。而在侵袭性的乳腺癌组织中表达显著下降。 这部分表达情况，可以放到第一部分内容后面。主要体现了临床相关性。为后面的大体研究思路，指明方向。 总结一下：作者通过EGF处理的细胞筛选到了一下差异表达的分子，结合病人的一个情况，找到了LIMT，而且LIMT跟病人的生存率有很强的相关性。接着在细胞和动物上做了功能实验，发现LIMT能抑制乳腺肿瘤细胞转移。作者做了一下机制相关的研究，发现可能EGF通过RAS-EMK通路介导了LIMT下调，促进了肿瘤转移作用。另外在EGF作用下，作者发现LIMT的启动子区乙酰化水平降低。作者还通过芯片筛选到了LIMT下游一些差异表达的miRNA，具体的机制没有深入去做。最后在组织水平上做了一下LIMT的表达差异。 回到开始的问题：这与我们的研究套路（lncRNA研究的8个内容）有区别吗？并没有。大家可以看出，其实做的内容都差不多，有粗有细，机制做得很少，那么大家就可以针对自己的情况，实验条件、经费、设计等有选择性的去做，发一篇5-10分的应该不太难。当然了，这里的分子是新的，而且现在还处于lncRNA火爆阶段，过了这个村可能就没这个店了。 That's all. Thank you!
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