转录调控一站式工具——iRegulon

关于转录调控我们之前已经介绍过很多，这里简单说一下。

从定义上说，转录因子是一群能与基因5`端上游特定序列专一性结合，从而保证目的基因以特定的强度在特定的时间与空间表达的蛋白质分子。

如果把RNA转录比喻成流水线，那么转录因子就像是流水线上的工人，这里我们需要了解转录因子的三个特点：

(1) 是蛋白质，而且是我们说的工具类蛋白的一类；

(2) 能与特定的DNA序列结合，一般我们把结合的序列叫“应答元件”，常位于基因启动子：

比如缺氧诱导因子（HIF1α）的应答元件叫HRE（Hypoxia-Responsive Element,HRE），这点跟我们在做ceRNA机制的时候说某条lncRNA上有miRNA的应答元件MRE（MiRNA Response Element）是比较像的。

那么我们如何知道转录因子A能否转录调控下游基因B呢？TRANSFAC是一个非常经典的真核生物转录因子数据库（算是转录调控领域的金标数据库了），但是是需要付费的（不付费只能使用零几年的数据），虽说是“金标”，但是由于Binding site的序列过短，本身特异性不足，所以整个预测结果的假阳性率还是比较高的。

一般来说转录因子数据库的数据源于TFBS（转录因子结合位点）结合序列的算法以及ChIP-seq的数据。今天给大家介绍一个Cytoscape的app——iRegulon，算是这两者结合的佼佼者了。

APP怎么安装就不说了，APP的使用介绍可以参见网页http://iregulon./tutorial.html。

这里给大家实际演示一下TF-miRNA-mRNA的网络如何构建。

首先是预测miRNA-mRNA的作用关系，可以用的数据库很多，DIANA、miRwalk、StarBase等等，就看你想翻谁的牌子了。

然后我们将得到的miRNA-mRNA作用关系导入Cytoscape

并选中网络中的3个miRNA

如果你要选择的基因比较多，可以通过导入list来选择基因

接下来我们运行App iRegulon

并且你会报错！

没错，是的，你没看错，你会报错，因为基因名称需要是HGNC symbol。HGNC上有gene symbol和HGNC symbol的对照表可以下载

也可以直接检索（直接检索的话就不如miRbase数据库了~~）

改成HGNC symbol之后我们就可以得到预测结果了

点这个绿色 号可以添加转录调控关系至当前网络

这是系统自动的配色结果，如何调整得美美哒，就看自己操作啦。

我们也可以选择转录因子预测其靶基因（想要多少靶基因看你自己设置了）