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长链非编码RNA（long non-coding RNA，lncRNA）是指长度大于200 nt不参与蛋白质编码的DNA 转录产物。lncRNA与小RNA（如miRNA、siRNA和shRNA）的一个重要差异特征就是长度。 lncRNA 起初被认为是没有功能的转录垃圾。近年来随着研究的不断深入，大多数lncRNA被确定为转录和翻译过程中的关键调控因子，在细胞正常功能发挥中有着重要影响。最近人们认识到lncRNA 在许多生理、病理途径中发挥作用，如X染色体的沉默、基因组印记、染色体修饰、转录激活、转录干扰及核内运输等多种重要调控过程。 lncRNA 的生物功能 lncRNA作用范围广泛，机制非常复杂，为了方便大家的理解，我们来简单看看lncRNA的特点： 1. 在编码蛋白基因的上游启动子区转录，干扰邻近蛋白编码基因的表达 2. 与编码蛋白基因的转录本形成互补双链，调控基因的表达水平 3. 结合在特定蛋白质上调节相应蛋白的活性 4. 作为小分子RNA的前体分子或者miRNA反义抑制分子 5. 作为结构组分与蛋白质形成核酸蛋白质复合体  简单概括就是：抑制基因表达；引导DNA-蛋白质结合；导致染色质重构，影响表观遗传。 lncRNA的功能研究 lncRNA研究中非常关键的一步就是发现特定的lncRNA，通过高通量测序筛选候选lncRNA是一种准确快捷的方法。lncRNA测序分析主要分为三步： 利用探针去除核糖体 目前针对研究较多的人、大鼠、小鼠，推荐使用 TIANSeq核糖体RNA去除试剂盒 (人/小鼠/大鼠) 进行高效核糖体去除，去除后利用qPCR验证rRNA去除效率，通常要求rRNA去除率高于90% 对富集后的RNA建库 推荐使用TIANSeq快速RNA文库构建试剂盒（illumina平台）进行建库，流程如图所示： 生物信息学分析 lncRNA的生物信息学分析通常分为两部分 分别是lncRNA和mRNA，主要包括： 1. lncRNA 表达差异分析 2. 新lncRNA 预测 3. lncRNA-mRNA 共表达分析 4. lncRNA 功能预测  lncRNA的功能验证 验证lncRNA的调控机制，需要对目标lncRNA进行体外验证或体内验证，研究作用分子的变化情况及对研究样本的功能调控影响，主要包括以下两个大类： 体外实验功能验证  lncRNA 功能验证 RNA pull-down, CLIP-seq, ChIRP-seq, RIP-seq等 功能获得性、缺失性研究 过表达载体或siRNA等 lncRNA 检测 qPCR, FISH等，因lncRNA的表达丰度低于mRNA，推荐使用TIANGEN为lncRNA量身定做的定量检测试剂盒：lnRcute lncRNA荧光定量检测试剂盒(SYBR Green) 体内实验验证 构建动物模型 2 导入过表达载体 3 检测动物表型变化、生化指标和相关基因表达 明星产品推荐 TIANSeq快速 RNA文库构建试剂盒（illumina平台），目录号：NR102 ★ 可针对mRNA和除rRNA外的非编码RNA（如lncRNA）进行转录组分析。 ★ 操作流程简便，可实现RNA样本的快速文库构建。 ★ 文库转化率高，适用于极低起始量样本文库的高效转化。 ★ PCR富集过程中保真度高，不存在碱基偏好性。 TIANSeq核糖体RNA去除试剂盒 (人/小鼠/大鼠)，目录号：NR101 ★ 样本广泛：适用于高质量（完整）及部分降解（如FFPE）样本中rRNA的去除。 lnRcute lncRNA荧光定量检测试剂盒(SYBR Green)，目录号：FP402 ★ 超高灵敏度的抗体热启酶。 ★ 缓冲液中加入H-competitor因子，完美解决高GC和复杂lncRNA模板。 ★ 适用快速定量流程，高效完成lncRNA检测。 lncRNA在漫长的进化中被赋予了复杂的结构、信息等方面的功能，通过与DNA、其他RNA、蛋白质的相互作用，在生命活动调控网络中扮演着十分重要的角色，随着新一代高通量测序技术集合生物信息学分析方法的普及，lncRNA的研究思路必将更加开阔。 |
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来自： Jennymgozseons > 《LncRNA》
