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今天我们继续介绍单细胞测序技术，这是“技术篇——单细胞测序”系列文章的第6期了，前面5期我们分别从： （1）科研热度（用这个技术发表的文章中，每4篇中就有1篇10分+，还不赶快了解一下！）；（2-3）使用单细胞测序发表高分杂志的两个案例（一篇肿瘤领域的Science和一篇心血管领域的Circulation）；（4）单细胞测序技术的常见问题（关于这个高大上技术的问题，这篇文章早就总结好了！）；以及（5）如果我们经费预算不够，可以使用的两个数据库：自己做不起单细胞测序，别担心有数据库可以用啊！。今天我们把中间遗漏的一期：单细胞测序的经典综述补上。正好是假期，如果你不看球，可以静下心来看看文章。 废话不多说，我们直接上文献： 1. Unravelling biology and shifting paradigms in cancer with single-cell sequencing.Nat Rev Cancer. 2017 Aug 24;17(9):557-569. 这篇去年8月份发表在Nat Rev Cancer杂志上的综述主要从单细胞测序在肿瘤研究中的应用来展开，综述了单细胞测序的技术、在研究肿瘤异质性和基因组进化中的作用，并以肺癌为例说明了单细胞测序的应用场景： Single-cell sequencing for the decomposition of heterogeneous cellular populations and the analysis of rare cells in lung cancer Single-cell sequencing can be leveraged to study cancer 2. Single-cell RNA sequencing for the study of development, physiology and disease.Nat Rev Nephrol. 2018 May 22. doi: 10.1038/s41581-018-0021-7. 今年5月22号发表在Nat Rev Nephrol杂志上的综述，主题是单细胞RNA测序在发育、生理和疾病研究中的应用，本文介绍了单细胞测序技术的流程、不同单细胞捕获方法、数据分析流程和软件，以及应用等等。 general strategy for scrNA-seq Microdroplet-based scrNA-seq Creation of a single-cell-resolution virtual organ. Use of cluster and subcluster methodology to define cell subtypes 3. Single-cell RNA sequencing to explore immune cell heterogeneity.Nat Rev Immunol. 2018 Jan;18(1):35-45. doi: 10.1038/nri.2017.76. Epub 2017 Aug 7. 这篇今年的Nat Rev Immunol杂志上的文章我们以前介绍过，主题是通过单细胞RNA测序研究免疫细胞的异质性，具体来说不仅包括了技术： 还有不同的应用场景：
Single-cell profiling uncovers distinct cell subsets in disease
Characterizing heterogeneity within one immune cell population using scRNA-seq 4. Single-Cell RNA Sequencing: Unraveling the Brain One Cell at a Time.Trends Mol Med. 2017 Jun;23(6):563-576. doi: 10.1016/j.molmed.2017.04.006. Epub 2017 May 10.
去年Trends Mol Med杂志上关于单细胞RNA测序研究脑及神经系统疾病的综述，除了介绍单细胞测序的不同技术平台外，还探讨了在研究神经退行性疾病中的应用。
Single-cell Sequencing Data Analysis Workflow 5. Single-Cell Transcriptomics Meets Lineage Tracing.Cell Stem Cell. 2018 May 3. pii: S1934-5909(18)30176-0. doi: 10.1016/j.stem.2018.04.014.
这篇综述的侧重点在单细胞测序用于细胞谱系（lineage）追踪，内容包括了不同的算法、策略等等：
Overview of Lineage Reconstruction Algorithms
Overview of Genetic Lineage Tracing Strategies 6. Single-Cell Genomics: Approaches and Utility in Immunology.Trends Immunol. 2017 Feb;38(2):140-149. doi: 10.1016/j.it.2016.12.001.
这篇是介绍单细胞基因组学在免疫领域的研究，其中数据分析部分说的比较细，对分析感兴趣的同学可以多看看。
7. Single-cell transcriptomics to explore the immune system in health and disease.Science. 2017 Oct 6;358(6359):58-63. 这篇Science综述也是从免疫角度来说的，比较简短。
Inferring cellular trajectories from single-cell data 8. The trajectory of microbial single-cell sequencing.Nat Methods. 2017 Oct 31;14(11):1045-1054. doi: 10.1038/nmeth.4469. 这篇nature methods是从微生物单细胞测序的角度来介绍的，
Timeline of scientific milestones in single-cell microbial sequencing.
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