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嗨！大家好。依凡又和大家见面了。从今天开始，我将带大家进入R的世界。 R语言是一种为统计计算和绘图而生的语言和环境，它有多强大我们就不多说了。对于用惯了windows系统下通过菜单和对话框操作软件（如Excel，IBM SPSS，Minitab）的小伙伴们，初次接触R，可能会不大习惯，因为它全部采用命令行的模式，所有的指令或代码需要我们逐字输入。不过不用一看到代码就打退堂鼓了，因为R的入门还是比较简单的（当然，要成为R的高手还是比较难的），只要利用好参考书和百度，你也可以很快写出实用的代码。 R语言及其功能扩展“包”的安装 首先安装R语言，下载地址（https://www./或者从我们的云盘链接下载），安装方法与普通软件一样。此外，推荐大家再安装一个Rstudio（https://www./），它是一个R的集成开发环境（IDE），可选择性安装。
安装“包” R程序包是R函数、数据、预编译代码以一种定义完善的格式组成的集合。存储包的目录称为库（library），R程序包是R功能扩展，特定的分析功能，需要相应的程序包实现，如有名的绘图包ggplot2、微生物多样性常用的vegan包等。
推荐两个我个人常用的“包”安装方法 1、从CRAN安装库 在命令行输入install.packages(“***”) ，如安装vegan包， 在弹出的”CPAN mirror“对话框中选择离自己比较近的镜像，如China(Xiamen)，之后点击”确定“以后它就自动安装了。 库安装好以后，我们如果要调用，必须要加载该包，软件重启以后需重新加载，如library(vegan)或者require(vegan)。 2、从Bioconductor安装库 source(“http:///biocLite.R”)或 source(“https:///biocLite.R”) biocLite(“ggplot2”) 熟悉“路径（directory）” windows系统我们很熟悉，如要找到venn.txt文件，依次点击 计算机--文档（E:）--R-work，然后就看到了目标文件。 我们如果按住“shift”键的同时右击venn.txt，选择“复制为路径”，然后粘贴到word中，它显示为'E:\R-work\venn.txt'，双引号内的一串字符可以认为就是venn.txt的路径，只不过这是windows风格的路径，用的是'\'分隔，需改成linux风格的路径，采用'/'分隔才能被R识别，修改后变为'E:/R-work/venn.txt'。 R打开后一般会进入默认的路径，通过getwd()可以查看当前的工作路径（work directory）。 通过setwd(“***”)可以修改工作路径，输入getwd()即可看到当前的工作路径已变为“E:/R-work/”。之所以要改变路径，是为了方便后期读入文件。 R具有普通计算器的功能，大家随意感受下。
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