【原】【R语言学习3】R语言程序包来源与使用方法简介

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R语言程序包简介

程序包是R函数、数据、预编译代码以一种定义完善的格式组成的集合。所有的R函数和数据集都是保存在包(packages)里面的， R自带了一系列默认包，它们提供了种类繁多的默认函数和数据集。其他包可以通过下载来进行安装，只有当一个包被载入时，它的内容才可以被访问，这样做一是为了高效，二是为了帮助包的开发者防止命名和其他代码中的名字冲突。

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程序包来源

1. R包主要来源于：CRAN(The Comprehensive R Archive Network):综合R语言归档网络。存储R最新版本的代码和文档的服务器的网络。提供多种镜像支持，在使用时，可选择最近的镜像来最大限度的减少网络负载。网址：https://cran./

2. 另外在生物信息学领域有一个众所周知的平台Bioconductor: 一个基于R语言的、面向基因组信息分析的应用软件集合。它提供的程序包包括各种基因组数据分析和注释工具。主要针对DNA微阵列、基因芯片或高通量测序数据的处理、分析、注释及可视化。网址：https:///

3. Github: GitHub是一个面向开源及私有软件项目的托管平台。因有的作者不愿意将自己的代码上传到以上平台，而选择存储在Github上，因此我们可以从Github上下载使用。

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程序包安装方法

刚刚我们讲到除了R软件自带的默认包以外，其他包需通过下载来进行安装，那么针对不同的平台有不同的安装方法。

1. CRAN：只需要在命令行中输入代码即可自动完成安装，需注意的是在安装之前，为避免网速问题下载失败，需在Rstudio中将镜像改为中国，具体方法可参见：【R语言学习2】RStudio软件使用说明

install packages(“package name”)

2. Bioconductor：Bioconductor平台的程序包安装与CRAN类似，但需使用source("https:///biocLite.R")提前链接到Bioconductor，然后使用biocLite("package name")进行安装。如下载速度较慢，可使用

chooseBioCmirror()命令修改下载镜像。

## try http:// if https://URLs are not supported
source("https:///biocLite.R")
chooseBioCmirror() # 修改下载镜像
biocLite("DESeq2")

3. Github：Github需使用devtools包进行下载，首先提前安装Rtools软件，然后安装devtools并加载，利用install_github命令进行安装，需注意的是安装时需记住程序包的仓库名，即例中的mikelove，可以看到仓库名是由包的原作者自己取的，所以命名千奇百怪。不容易记住。

install.packages("devtools")
library(“devtools")
install_github("mikelove/DESeq2")

因此有作者开发出了githubinstall包，使用方法与CRAN的一致，但须注意的是使用前需安装Rtools软件。在安装时我们仅需输入包的名字，软件即会自动完成搜索，输入y下载安装即可，一般结果较为准确。

install.packages("githubinstall")
library("githubinstall") githubinstall("DESeq2")

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程序包使用方法

1. 加载函数：library(“package name”） 

2. 帮助函数：help(package= “package name”)   如：help(package =“DESeq2”) 可输出包的简短描述和包中的函数名称和数据集名称的列表，同时可以使用??package name,以package name为检索词检索本地文档。

3.其他帮助函数可参见《R语言实战》，如下图所示：