【原】玩转R包

很长一段时间，总是被安装一些包所绊住，或许今天也是。往往小阴沟就会翻船。死都不敢相信自己是这么死的。R包就是众多坑沟中的臭名昭著的一个。版本不对，依赖不存在，各种问题简直让一个有强迫症的患者生不如死。但是自学者总是有心的，当问题不断出现，让救火次数不多增多，慢慢就积累了很多处理问题的技巧和思路。常说授人以鱼不如授人以渔，但是个人最笨，只能将代码掏出来。一共进步。

以下代码用于处理win的R包戳戳有余，相信这部分代码学会之后，包的问题就再也不是问题。小阴沟也成为了宽阔的湖面，任你驰骋。

以下代码测试于win7 和 win10 如有问题：记得留言，或者

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安装R包的几种方式

从CRAN中安装R包

########安装R包的几种方式#############
# 修改清华镜像站
site="https://mirrors.tuna./CRAN"
install.packages("DESeq2", repo=site)

#完全可以多个R包一起安装
ins_pac = c("DO.db", "fgsea", "qvalue", "ggforce", "DOSE", "ggraph", "GOSemSim", "biomaRt", "enrichplot", "GenomicFeatures", "gridBase", "rtracklayer", "TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene")
install.packages("ins_pac", repo=site)



安装bioconductor包

source("https:///biocLite.R")
biocLite("phangorn")



可以同时安装CRAN或者bioconductor或者部分github包的包BiocInstaller和BiocManager

##R3.5版本以上才可以使用#####
library(BiocInstaller)
biocLite("structSSI" )
##BiocManager
chooseCRANmirror()
install.packages("BiocManager")
#安装的软件包可以更新到当前版本
BiocManager::install()
#使用version()查看Bioconductor版本

BiocManager::version()


安装github中的包

library("devtools")
install_github("joey711/phyloseq")
# 下载ggvegan包
devtools::install_github("gavinsimpson/ggvegan")
library(phyloseq)
# 判断devtools工具是否存在，选择是否需要安装，因为很大。
require(devtools)
install_github("ggvegan")
if (!requireNamespace("devtools", quietly = TRUE))
install.packages("devtools")
devtools::install_github("calligross/ggthemeassist")
# 安装开发版(连github不稳定有时间下载失败，多试几次可以成功)
devtools::install_github("phyloseq", build_vignettes = TRUE)
# 安装新功能最优版
devtools::install_github("phyloseq", ref = "optimization")


安装固定版本的包

# 安装固定版本
install_version("igraph", version = "0.6.5", repo="http://mirrors.tuna./CRAN/")



##当不记得github仓库号之后，使用下面包githubinstall安装github包

install.packages('gdtools') #已发布至CRAN
library(githubinstall)


如果以上都还没有解决您的问题，还有办法

我们下载github上的包，可能经常性的打不开，R中无法下载，甚至手动克隆都有可能随时中断。

##无法下载得到github包，或者无法安装后，将github包手动下载下来，解压之后定位文件夹名称后安装
install.packages("C:/Users/wentao/Desktop/hrbrthemes-master/", repos = NULL, type = "source")
install.packages("C:/Users/wentao/Desktop/microbiomeutilities-master/", repos = NULL, type = "source")
library(microbiomeutilities)



R语言载入包方式(require)实现多个包一起载入

这里将包分类载入

##
.cran_packages <- c("ggplot2", "gridExtra")
.bioc_packages <- c("dada2", "msa", "phyloseq")
# Load packages into session
sapply(c(.cran_packages, .bioc_packages), require, character.only = TRUE)


定期升级所有R包

#######定期升级所有R##########
update.packages( )
#######定期升级所有R#########


查看默认载入的包

####查看默认载入的包########
getOption("defaultPackages")#：查看启动R时自动载入的包。
####查看默认载入的包########


查看包安装目录 查看已经安装的包目录

.libPaths()：查看包的安装目录
library()：查看已经安装的包目录


查看R中载入的包

sessionInfo()：查看R中载入的包


查看"package"中的所有对象

ls("package:package")：查看"package"中的所有对象


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