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【求助】生存分析连续变量最佳cutoff值确定

 杉杉之园 2018-07-09

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希望您能看完!或许对你也有帮助呢。如题,在做一个预后分析,想要看一下这个变量是否是OS的预测因子。用例子来说吧:比如我想要建立一个预后模型,预后事件为总体生存OS,预测因子包括肿瘤T分期,分级Grade,年龄性别等基础变量,最重要的是我要加入一个变量比如C反应蛋白CRP,看他是否是一个预测因子。-------梳理一下:自变量为Tstage,Grade,Gender,Age,CRP;结局事件OS。---------继续,CRP是一个连续变量,我知道可以直接纳入做COX模型,但是现在我想要把他变成二分类变量为高CRP与低CRP这两类,建立新的模型,那么问题来了,我怎么去确定这个最佳cutoff值?-------------------------------参考:我看了很多发表在10多分的杂志上的文章有这三种描述来确定最佳cutoff值:1. 用ROC的方法,以OS结果为标准,制作CRP-OS的ROC曲线(类似于诊断试验的最佳cutoff值确定)。      2. Associations with patient outcome were evaluated with CRP analyzed as a continuous variable and a cut-off point of 2.7. This was obtained by using a visual assessment of the functional formof the association of CRP with patient outcome (ie, a plot of Martingale residuals from a null Cox model against CRP). 这个方法完全没看懂,即使我特意去看了这个Martingale residuals也没看懂。       3.以Harrell C-index最大值对应的CRP的cutoff值则为最佳cutoff值,这个很好理解,我也知道怎么去算这个C指数,但是我总不能每个CRP的cutoff都去做一次C-index吧,那么请问有什么办法这样用计算机去做这样的重复试验呢?(比如我设定CRP的cutoff=5时对应有一个C-index,=6时又有一个C-index,=4时也有一个C-index,是不是有个叫bootstrap的方法重复抽样的东东?)-------------------------------我对第一个方法持怀疑态度,感觉不靠谱,后面这两个真的不懂,也不知道怎么搞,希望有人指点一下。谢谢!(现在肿瘤预后研究这么流行,说不定你以后就能用到呢.......)

对于楼主的孜孜不倦的精神表示由衷赞赏。楼主的疑问是非常有意思、也很有意义的问题。

明确一下你的核心问题,如何对连续变量X进行合理有效二分类,使得结果表达起来更有意义?

方法一:这种做法很常见,ROC中的CUTOFF值本质上是灵敏度加特异度最大的一点,也就是诊断试验用的。灵敏度升高则特异度会降低,反之亦然,cutoff value 则是这个跷跷板中间的平衡点。用这个点做节点,我个人认为并没有特殊的涵义。当然,用这个点也可能不会错。

方法二:我没有完全懂,不同的方法可以办相同的事情,条条大路通罗马。我理解的意思是,应该是通过做CRP和outcome的平滑拟合曲线,找到CRP的拐点,至于怎么找的拐点,则可能是他说的martingale residuals这种方法。那么如何理解拐点呢。简言之,拐点左右两侧X对Y的效应值大小不一样。举例子,开始Y随X增大而增大,当X到一定值时,Y不再随X增大再增大了,或者增大幅度降低了,这就是通常所说的饱和效应;开始Y不随X增大而增大,当X到一定数值时,Y开始随X的增大而增大,这就是平时常听到的阈值效应。这个时候我们拿饱和效应或阈值效应的拐点来分割X是有效的、是有意义的。

反之,X对Y做散点图【或平滑拟合曲线】,会得出很多种情况的图形,如到U型,正U型等等。这个时候拿正U或者倒U的拐点去分割CRP则是无效的,因为结果会发现CRP对Y没有作用了,事实上有作用,是因为拐点没有选对。

方法三:我不懂,但是你懂,感觉真好。

总而言之,如何把CRP很好得划分为二分类变量,这个问题确实有意义。分好了,可以很好得展现CRP对outcome的作用,分不好,则会掩盖CRP对outcome的作用大小。个人认为核心内容是做一个CRP与outcome的平滑拟合曲线,做这个曲线的时候最好校正一下必要的混杂因素,也无需校正太多,因为找拐点无需很精确,如果观点大概对应21,那么我们也可认为定位20【接近参考值范围】。另外,高深的统计方法不一定是最好的方法,说明白问题就OK了。

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