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pheatmap是R的一个包，相比于heatmap2，pheatmap更加简洁易懂。 1.在R中安装并加载pheatmap包及其相应的依赖包。
2.加载数据 一般文件转换成csv（逗号分隔）或者txt（制表符分隔）格式 > data<-read.csv(‘heatmap.csv’,header=T) or > data<-read.table(‘heatmap.txt’,header=T) header参数确定数据文件第一行是不是标题。 F表示第一行不是标题，T表示第一行是标题，数据从第二行开始，默认是T。
3.默认参数，绘制热图 > pheatmap(data)
默认参数： 行列聚类（cluster_row=TRUE, cluster_col=TRUE; 设置treeheight_row=0,treeheight_col=0隐藏进化树，或直接不进行聚类cluster_row=FALSE,cluster_col=FALSE）； 矩阵不进行标准化（scale=”none”，可设置为“row”“column”标准化）； 默认小块之间灰色分隔（border_color=”grey60”，没有border可设置为“none”或其他颜色）； legend显示在右上方（legend=“TRUE”，可设置legend=“FALSE”不显示legend) 4.参数调整，优化热图 >pheatmap(x,cellwidth=40,cellheight=40,border_color=NA,cluster_col=FALSE,main="ExampleHeatmap",fontsize=15,treeheight_row=120,cutree_row=3)
参数： cellwidth和cellheight设置小格长宽 border_color设置边界颜色 main设置热图标题 fontsize设置字体大小 treeheight_row/col设置进化树高度 cutree_row设置将图拆分开几部分 5.收工 R(heatmap)绘制热图
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