| 共 12 篇文章 |
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excel零代码绘制火山图，解锁火山图新姿势！选中你感兴趣的数据点-右键选择“添加数据标签”，显示该数据对应的值，然后在原始数据中匹配相应的genesymbol添加就好啦（同时可以在设置数据系列格式中自定义参数）Excel绘制火山图主要分为数据的处理（筛选你感兴趣的数据到新列），选择数据并作标记，添加图表元素（坐标轴与标题名，图例等参数）... 阅4681 转13 评0 公众公开 19-05-13 17:11 |
热图绘制：R（Pheatmap）pheatmap是R的一个包，相比于heatmap2，pheatmap更加简洁易懂。> pheatmap(data)行列聚类（cluster_row=TRUE, cluster_col=TRUE; 设置treeheight_row=0,treeheight_col=0隐藏进化树，或直接不进行聚类cluster_row=FALSE,cluster_col=FALSE）；>pheatmap(x,cellwidth=40,cellheight=40,border_color=NA,cluster_co... 阅3957 转13 评0 公众公开 18-07-16 10:55 |
用pheatmap画热图的代码。#clustering_distance_rows = ''''correlation'''',#聚类线长度优化。# treeheight_row=40,#按行聚类树高。cluster_cols=FALSE,#是否按列聚类。cluster_rows=F,#是否按行聚类。number_format=''''%.2f'''',#显示数据的格式，几位小数，或'&#... 阅1 转自阿非ycfg 公众公开 18-07-16 10:52 |
本质上它是表现一个数值矩阵，图上每一个小方格都是一个数值，按一条预设好的色彩变化尺（称为色键，Color Key），来给每个数值分配颜色，虽然看起来眼花，但道理却很简单。图外边那些细细的线条，就是聚类分析的树形图。高通量测序得来的数据，通常比较磅礡，这时候生成的热图，每个方格就会很小，在一页杂志可以印刷的范围里，你可能连基因的... 阅77 转0 评0 公众公开 18-04-16 17:13 |
聚类热图，你用什么软件画？这样热图就做好了，解析来我们进行聚类，选择左上角的Clustering，我们看到这里的聚类方法包括分层聚类（Hierarchical Clustering），Tree EASE，自组织映射,k-means聚类等等。这里我们既进行基因，又进行样本的聚类，距离计算按照欧式距离来计算，选好后单击OK：主要是样本之间聚类的不同，我们换种计算距离的方式... 阅1 转自23流星23 公众公开 18-02-12 17:33 |
聚类热图，你用什么软件画？这样热图就做好了，解析来我们进行聚类，选择左上角的Clustering，我们看到这里的聚类方法包括分层聚类（Hierarchical Clustering），Tree EASE，自组织映射,k-means聚类等等。这里我们既进行基因，又进行样本的聚类，距离计算按照欧式距离来计算，选好后单击OK：主要是样本之间聚类的不同，我们换种计算距离的方式... 阅1 转自微笑如酒 公众公开 18-02-12 17:29 |
科研达人丨芯片数据分析之热图（Heat Map）所谓的热图，是直观展现基因表达变化的一种图，是数据的一种二维呈现，其中的数值都用颜色表示，让繁杂的数据一目了然（分析过芯片数据的伙伴必然深有同感）。MeV是TIGR推出的微阵列分析软件包之一MultiExperiment Viewer的缩写， 通用微阵列分析工具，运用各种算法对格式化好的微阵列数据进行聚类、... 阅1 转自刘芸47b4z... 公众公开 18-02-12 17:28 |
上方树形图表示对来自不同实验分组的不同样品的聚类分析结果，左侧树状图表示对来自不同样本的不同基因的聚类分析结果：如下图，通过观察上方树形图（对列的聚类分析）大家可以明显的看到，两个实验分组中的Experiment组，其基因的总体表达模式与作为对照的control组存在很大的差异：在对照组中，多数基因都呈现极大下调的表达模式（绿色条带）... 阅1 转自阿非ycfg 公众公开 18-02-12 17:27 |
本质上它是表现一个数值矩阵，图上每一个小方格都是一个数值，按一条预设好的色彩变化尺（称为色键，Color Key），来给每个数值分配颜色，虽然看起来眼花，但道理却很简单。图外边那些细细的线条，就是聚类分析的树形图。高通量测序得来的数据，通常比较磅礡，这时候生成的热图，每个方格就会很小，在一页杂志可以印刷的范围里，你可能连基因的... 阅221 转2 评0 公众公开 18-02-12 11:10 |
第二个问题，则需要考虑：你是否要做聚类，是对样本聚类还是对基因聚类。先介绍需要聚类的情况。如果深入一点讲，这种聚类本质上利用了多组值间两两的差异程度（欧式距离、相关系数等），对多组值进行层级聚类，以最终得到样本间聚类的远近关系。在这里，你还可以选择：仅在样本水平聚类、仅在基因水平聚类或两者都选择（如图1）。聚类：也就是... 阅1 转自yapinggao... 公众公开 18-02-11 12:25 |
