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、 火山图是大家在阅读文献时经常看到的图，主要用于展示基因的差异表达，在前期筛选课题的时候常用，且常与热图搭配出现。因为绘制出来的差异表达的基因形如火山，故得名火山图。 火山图主要用于展示显著差异表达的基因。通常对显著的定义是：p0.05且两组表型的基因表达差异/Fold Change在两倍以上，即FC>=2。但在文献中我们常见的火山图横纵坐标分别是log2FC与-log10Pvalue。以2为底数，取基因表达变化的对数值为横坐标使得结果更容易读懂：比如，某基因在实验组中的表达是对照组中的4倍，log24=2,若基因在实验组中的表达是对照组的2倍，log22=1。在火山图中，横坐标每增加一个单位，则说明基因在两组表型中呈两倍的差异,。在火山图中取10为底数p值的负对数为纵坐标主要两个考虑：一，可以使得纵坐标的刻度更合理，因为p值间的差异可能非常大，可以取值正无穷小到1之间；二，对数处理后的原p值越小对应的纵坐标值越大，即越显著。 火山图的本质是散点图，理论上可以画散点图的工具都可以用来画火山图。比如在线网站NetworkAnalyst，SangerBox里面的火山图绘制工具都可以做火山图。工具虽然方便但是自己可操作的空间少了，本文先向大家介绍人人都可以快速掌握的excel绘制火山图的方法。  数据： 65例病人的正常组织与对应的直肠癌中的基因表达数据（GEO accession: GSE20842） Excel绘制火山图主要分为以下几个步骤： 打开下载的原始数据集，选中表格中P.Value，logFC两列复制到新的excel1中（原始数据中logFC即默认的底数为2，即log2FC）  在新的表格中C2单元格中输入=-LOG10(A2) 后Enter键，得到单元格结果。再点双击击单元格右下角则会以同样的函数生成这一列相应的值  从数据中筛选出p<=0.05且|log2fc|>=2的数据到新列（E，F，G）中得到如下excel1表格（自此我们得到了绘制火山图所需要完整的数据，excel1中A，B，C三列为原始数据中p ，log2FC及对应的-log10(P.Value)值。E，F，G则为筛选后的数据值）  依次选中B/C两列-插入-图标散点图，生成火山图  自定义火山图参数更改图表样式 选中图片-图表工具-设计-图表样式（自由搭配满意的图片样式）  在生成火山图后，我们需要从所有数据中筛选出差异表达的基因，即筛选出p<=0.05且|log2fc|>=2的数据 单击选中图标数据任意一个数据点-右键选择“选择数据”-“添加” 在添加的数据系列中填写合适的系列名称与横纵坐标轴值（此处系列名称我们填 p<>，即我们之前筛选出来的E，G，F三列数据；X，Y轴填写数据对应的单元格范围，此处我们都是2：500）。自此，我们就在火山图中标记出了我们感兴趣的差异表达的基因。   我们可以为火山图加坐标轴标题，图例，图表标题，数据标签等元素   单机选中图表中任意一个数据-右键选择“设置数据系列格式” 通过此菜单栏，可以自定义图表中的任一元素参数 选中你感兴趣的数据点-右键选择“添加数据标签”，显示该数据对应的值，然后在原始数据中匹配相应的genesymbol添加就好啦（同时可以在设置数据系列格式中自定义参数） 本文我们向大家演示如何通过excel绘制自己满意的火山图。Excel绘制火山图主要分为数据的处理（筛选你感兴趣的数据到新列），选择数据并作标记，添加图表元素（坐标轴与标题名，图例等参数），修改元素参数，添加数据标签（可以添加对应的gene symbol）等内容。Excel操作简单普遍，相信大家都可以绘制自己满意的火山图！（若想绘制更美观的火山图，请关注下周推文：用R语言绘制火山图） |
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