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火山图是生物信息学中常见的图表类型之一，其作用是展示差异基因的分布情况，横轴表示差异基因表达变化的倍数（Fold change），一般常取以2为底的对数，表示为log2(FC)，而纵轴则表示p-value，亦或是更为严格的筛选标准q-value(又称adjusted p-value)，一般常取负的以10为底的对数，表示为-log10(p-value)。 常用的火山图绘制方法包括R语言的ggplot2包，芯片测序平台自带的内置软件，亦或是在线工具比如ImageGP (http://www./ImageGP/index.php/Home/Index/)。 相关推文：自从用了它，导师被我的论文图片美哭。 如果你不懂R语言，又不想让自己受到现成的软件作图时受到的格式上的束缚，那么你可以试一试EXCEL！
首先我们得到绘制火山图的原始数据，即包括基因名称、P(value)和log(FC)的表格。 然后我们将ID、logFC和adjusted p-value三列单独拿出来，并把adjusted p-value的数据处理成负的以10为底的对数形式。
以K、L、N三列作为数据来源创建散点图
随后调整图表格式，比如我们换一个这种稍微浮夸一些的 当然了，目前这图肯定是还有一大堆问题的，黑色背景肯定是不行的，坐标轴的位置不好，刻度看不清，区分不出差异基因等等，需要我们自己DIY处理一下，下面我们一一细说： 背景设置成无填充即可 坐标轴的标签位置设置为低，那么坐标轴标签就在左边了，顺手这些标签的颜色都调整成黑色 下面重点说说如何把上下调基因的颜色标注出来。 首先我们要把差异基因从原始数据中挑出来，筛选标准为adjusted p-value<> 我们先设置上调基因，系列名称随便填，X轴系列值设置为logFC那一列（不包括标题那一行），Y轴系列值设置为-log10(q-value)那一列（不包括标题那一行）。 左键随便选中一个点，便可更改该系列所有点的格式 图表中所有的格式选项都是这里，可以尽情发挥自己的想象力： 另外我们还可以增加新的系列，来把我们想要展示的基因名称添加到火山图中
最后另存为保存成PDF格式，结果如下：
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