前段时间一直忙着考试,最近才赶上恢复自己的更新,在此感谢菜鸟图的所有人的包容与支持
The-Human-Protein-Atlas 介绍Human Protein Atlas 数据库,它致力于提供全部24,000种人类蛋白质的组织和细胞分布信息,并免费提供公众查询。创立这个数据库的瑞典 Knut & Alice Wallenberg基金会使用特制的抗体,用免疫组化的技术,检查每一种蛋白质在48种人类正常组织,20种肿瘤组织,47个细胞系和12种血液细胞内的分布和表达,其结果用至少576张免疫组化染色图表示,并经专业人员阅读和标引。这些受检组织来自144个不同个体和216个肿瘤组织,保证染色结果具有充分的代表性。√“总结起来就是说提供人类蛋白质在组织和细胞的分布,并用免疫组化技术,检查每一种蛋白质在48种人类正常组织,20种肿瘤组织,47个细胞系和12种血液细胞内的分布和表达,其结果用至少576张免疫组化染色图表示,并经专业人员阅读和标引” 话不多说,我们直接实战吧,看看数据库怎样用吧举个栗子,查询明星基因pten的表达情况接着出现下面界面从左到右分别是:基因,基因的描述,蛋白类别,组织,细胞,病理,亚细胞定位,RNA类别8列点击组织,就出现该基因在不同组织的表达情况:(分为RNA表达和蛋白质表达)Splice variant(剪切异构体)你会发现,PTEN存在两个剪切异构体,分别为PTEN-001,PTEN-005点击人体组织表达图谱右侧组织名称,比如肾脏,可以查看组织免疫组化图。在网页的左侧显示标本信息以及蛋白亚定位。可以参考作为免疫组化的阳性对照点击细胞栏,可以查看基因在细胞系RNA表达水平,以及人类细胞系、小鼠细胞系中定位。在查看细胞定位的荧光图时,可以通过点击选择需要显示的内容:抗体,细胞核,微管等等。即可单独显示又可以叠加显示。点击肿瘤栏,可以查看基因在不同肿瘤样品中的蛋白表达情况,该数据库整合了TCGA,因此你可以看到在TCGA的表达情况。 |
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