| 共 88 篇文章 |
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利用NCBI查找基因信息 | 生物信息博客检索基因的注释信息，在我们平常的学习和工作中经常会遇到，现总结归纳一下，好备不时之需。右上方有三个链接分别可以以三种不同格式显示基因序列，如果对基因只想进行一个宏观的了解，就选择Graphics格式，如果只想得到基因序列就选择FASTA格式，如果想要得到基因的详细注释信息就要选择GeneBank格式，关... 阅1 转自dyhvs 公众公开 20-03-07 23:00 |
对于该基因集下的每个基因给出了详细的统计信息，RANK IN GENE LIST代表该基因在排序号的列表中的位置， RANK METRIC SCORE代表该基因排序量的值，比如foldchange值，RUNNIG ES代表累计的Enrichment score, CORE ENRICHMENT代表是否属于核心基因，即对该基因集的Enerchment score做出了主要贡献的基因。可以看到，其Enrichment score值全部为负... 阅26 转0 评0 公众公开 20-02-20 11:19 |
我们按照年接收量＞10篇的标准对杂志（>3.4分）统计，如果按照接收数量排序，J Cell Biochem（3.4分）、J Cell Physiol（4.5分）、Front Oncol（4.13分）、Sci Rep（4.011）、Front Genet（3.517分）、Cancers(Basel)（6.16分），如下：Int J Mol Sci.J Cell Mol Med.Mol Cancer Res.Differentially expressed autophagy-related genes are ... 阅79 转2 评0 公众公开 20-02-15 17:10 |
绝对值得你拥有的TCGA甲基化分析神器。基于TCGA数据库进行数据挖掘发表的文章是层出不穷，也有一波优秀的TCGA数据分析网页工具涌现出来。今天给大家介绍的是一款针对TCGA数据库450K甲基化芯片数据进行分析的工具—MethSurv（https://biit.cs.ut.ee/methsurv/）。该网页也显示了生存分析结果的总结，提供图形的下载，也提供超链接可以在其他数据... 阅137 转4 评0 公众公开 19-06-23 10:37 |
为何师兄/师姐的ppt配图看起来这么高级？明明我们自己做自己的课题，大家都是彼此的天使，可一到组会上，看着师兄师姐用来汇报的ppt，配图那叫一个高级，全是花里胡哨的信号通路图，再看看自己，哎，我这科研乡巴佬啥时候能进城？这不就是师兄师姐常说的marker嘛。嘿嘿，找到了这些marker，还怕找不到好看的信号通路图吗？大名鼎鼎的KEGG数据库... 阅258 转22 评0 公众公开 19-04-14 08:42 |
还是这张原理图，GSEA的输入是一个基因表达量矩阵，其中的样本分成了A和B两组，首先对所有基因进行排序，在之前的文章中也有提到排序的标准，这里简单理解就是foldchange, 用来表示基因在两组间表达量的变化趋势。Dataset details给出了基因总数，Gene Set details给出了基因集的信息，注意软件默认根据基因集包含的基因个数是先对基因集进行过... 阅64 转0 评0 公众公开 19-03-25 10:12 |
（工具篇）S5E55：肿瘤耐药研究神器之——GDSC.1、从药物出发，查询肿瘤药物基本信息，如IC50、靶点、信号通路检索，以及耐药、敏感相关基因；2、从基因出发，查询基因在肿瘤中的突变情况、对药物敏感耐受信息；3. 从肿瘤细胞株出发，查询基因突变以及药物敏感信息；我们在做肿瘤耐药研究的时候，经常会从一种药出发研究肿瘤耐药的机制，而GDS... 阅1 转自yjt2004us 公众公开 19-03-04 16:13 |
如何获取蛋白序列并进行序列比对？这是打开后是序列，我们看到包括了Sox9，Sox2，Sox11等蛋白的序列，这样我们就拿到Sox家族的各条序列了，接来下我们进行序列比对。接下来我们进行比对，在Alignment里面有Alignment by ClustalW和Muscle两个选项，其中ClustalW常用于两序列比对，Muscle速度快，用于序列多的时候进行的比对，这里我们选择Muscl... 阅343 转1 评0 公众公开 19-02-18 19:23 |
切入正题先看看人家长啥样吧 网址：https://www.proteinatlas.org/markThe-Human-Protein-Atlas 介绍Human Protein Atlas 数据库，它致力于提供全部24,000种人类蛋白质的组织和细胞分布信息，并免费提供公众查询。可以参考作为免疫组化的阳性对照mark点击细胞栏，可以查看基因在细胞系RNA表达水平，以及人类细胞系、小鼠细胞系中定位。 阅137 转2 评0 公众公开 18-07-20 13:06 |
Oncomine：癌基因芯片数据挖掘平台系列介绍（二） Oncomine：癌基因芯片数据挖掘平台系列介绍（二） 2015-07-05 中翰金诺 中翰金诺。获取单个基因在特定癌症中的共表达基因。项目1：分析单个基因或者多个基因在特定癌症或者多个癌症中的差异表达分析/拷贝数变异分析项目介绍。鉴于癌症的异质性在确定潜在原癌基因中的挑战，Compendia建... 阅1 转自微笑如酒 公众公开 18-07-15 19:07 |
