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基于TCGA数据库进行数据挖掘发表的文章是层出不穷，也有一波优秀的TCGA数据分析网页工具涌现出来。DNA甲基化是目前研究得较为深入的表观遗传学修饰，研究时采用最多的是illumina的450K芯片。今天给大家介绍的是一款针对TCGA数据库450K甲基化芯片数据进行分析的工具—MethSurv（https://biit.cs./methsurv/）。 进入网页后，网页左边栏目的选项解读如下： 以STAD的ALK基因在island的1st Exon区域cg02355885探针为例进行分析。我们可以看到分组时的方法，不同的选项表示分组时所选择的切割点不一样，其中best表示为5种切割方法中p-value最显著的点。 下图所示的是密度图，根据分割点的值不一样，将其进行分组。 Splitting of methylation bymedian 可以看到生存分析结果。 我们还可以对不同的临床因素进行分析，分析不同因素对甲基化的影响。 以clinical_stage为例，展示在不同等级的肿瘤中的甲基化的情况。 该网页也显示了生存分析结果的总结，提供图形的下载，也提供超链接可以在其他数据库中查看到该基因的信息。 用户也可以自行选择癌种和染色体，然后直接查看该染色体上探针的生存分析结果。 选择一个探针后，也可以显示生存曲线图。 最后，网页提供每个基因所有探针的热图。用户可以自行选择癌种和基因。 如下图所示的热图中，网页对样本的信息和探针的信息进行了注释。 怎么样，学会了吗？赶紧去研究一下自己感兴趣的基因吧！ |
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