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昨天我无意间看到一个TCGA网页版工具，发现的时候就跟当时发现GEPIA一样。 我看了一下这个数据库的释放时间是2018年5月11号，没有文章发表，我猜测是还在开发中。 这个数据库也没有教程，作者是Shutan Xu，目前在美国佐治亚大学。 我试用了一下，十分不错，给大家分享一下： 这是网址： http:///index.html  左侧按照人体组织的名字分类，上面是不同的分析项目，我点开TCGA，然后在肾脏里面选了个肿瘤，随便输入一个基因AGMAT，点击submit  然后就很惊喜了，弹出了一大波好看的图 首先是生存分析的图，高表达的患者生存获益，估计有抑癌基因的潜质  再下来是在各个stage的表达，没有什么差异  接着，又是在各个stage中的表达，而且还跟配对的癌旁组织做了对比，这是我想要的，基本上在癌中都是低表达的，这个比较容易理解嘛， 高表达的患者高生存，那么可能是个抑癌基因，他在癌症里面低表达，表面很有可能是因为他的表达下调了，才发生癌症啊。  下面两张图好看是好看，但是不知道是什么意思，我也没去查，一个是mRNA class，一个是MiRNA class   接下来是这个基因在肿瘤中的缺失突变的情况  接下来的是跟按照AGMAT突变和非突变分组，表达最相关的基因  最后是表达跟甲基化的关系，右边的方框是在癌和癌旁的表达， 下面的方框是这个基因相关的甲基化位点中的一个，我们看到无论在癌症和癌旁，AGMAT和这个甲基化位点都是负相关，而甲基化水平在癌症中要高于癌旁。  那么，在不做实验之前我们大概能提出的科研假设是：
当然还没有完，我们会到最上面点击pan-cancer还可以得到更多的信息  点击submit后，我们又看到两张图 第一张是AGMAT在所有TCGA癌症中的表达  第二张是AGMAT在所有正常组织的表达，使用的是GTEx的数据 到这里，我们发现这个数据库十分好用，但是他好像还在完善当中，因为其他的肿瘤点进去只有生存分析和表达，没有其他信息。 另外一个比较好的一点就是，他对于亚型分析支持的比较好。 比如在乳腺癌中，他支持单个基因在各个亚型中的生存分析，这应该是全网唯一一个有这个功能的数据库。 反正还没开发完，希望最后作者能呈现一个完善的产品出来，到时候我再来评测。 |
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