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TCGA官网下载的文件数量竟然和TCGAbiolinks不一致！接下来还是使用官网网页下载，然后自己新建指定文件路径，就可以用2行代码搞定表达矩阵了：# 查询query <- GDCquery(project = ''''''''TCGA-READ'''''''', data.category = '''''... 阅56 转0 评0 公众公开 22-09-13 19:30 |
4年前的TCGA重磅资料你学了吗。当时写的是https://tcga-data.nci.nih.gov/docs/publications/ (本人已经写爬虫把所有TCGA在CNS的大文章的PDF及附件全部下载，请后台回复TCGA大文章获取！众所周知,TCGA数据库是目前最综合最全面的癌症病人相关组学数据库，包括：虽然说，教程是关于TCGA数据库的不同数据的下载，实际上是希望可以帮助大家认识TCG... 阅1 转自健明 公众公开 21-10-14 15:10 |
聊UCSC xena的数据下载问题。我们经常会使用 UCSC xena下载 TCGA数据, 值得注意的是，其中包括了两个数据来源。从官网的介绍来看，如果是 GDC数据集来源下载，其方式等同于在 2017年9月15日使用 api方法从官网下载了数据 注意：数据已经为log2(count+1)转化值，数据已经进行了merge，可直接进行注释，进行后续分析。同样可以看到，下载的数据仍... 阅1038 转1 评0 公众公开 21-09-15 08:53 |
“LinkedOmics” TCGA第三方软件中的战斗机！号外，号外，号外。大量的科研人员利用TCGA数据库来帮助自己寻找感兴趣的靶点，或是对自己的科研成果进行验证。今天，小编给大家带来一个TCGA数据库的第三方online tools，叫做“LinkedOmics”，帮助大家更加方便的使用TCGA数据库。（http://www.linkedomics.org/login.php）小编想去看在TCGA数据中... 阅1 转自阿非ycfg 公众公开 19-07-21 23:40 |
肿瘤研究的TCGA数据库挖掘工具大全?TCGA数据库的挖掘工具层出不穷，从数据下载到数据挖掘，这里小编给大家整理一份官网的数据挖掘工具大全：11. https://bioinformatics.mdanderson.org/tcgambatch/ MBatch由MD Anderson Cancer Center开发的基于Web的工具，用于识别和量化处理的TCGA数据中存在的批处理效果，支持分层聚类分析和增强的PCA分... 阅2 转自闲庭之雨 公众公开 19-05-19 11:29 |
TCGA肿瘤数据做生存分析，竟然发了cell主刊。为确保正确使用与基因组特征相关的大型临床数据集，我们开发了一个名为TCGA Pan-Cancer临床数据资源（TCGA-CDR）的标准化数据集，其中包括四个主要的临床结果终点。单因素分析显示，当使用PFI（p = 0.005）和DFI（p = 0.001）作为临床终点时，具有ER +肿瘤的TCGA乳腺癌患者比具有ER-肿瘤的患者具有... 阅497 转3 评0 公众公开 19-04-07 07:50 |
BROAD开发的TCGA分析平台，强大的下载功能。本系列包括了TCGA本站中数据的浏览、下载，尤其是TCGA改版后的功能介绍(增加了OncoGrid展示)，然后是cBioPortal，TCGA数据在线提供的分析类型最多的一个平台，再是FIREBROWSE，比较不错的在线展示和方便的数据下载功能。BROAD开发的TCGA分析平台，强大的下载功能。数据分析方法描述、下载把基因根据... 阅230 转6 评0 公众公开 19-03-30 19:13 |
实例展示如何从TCGA筛选临床信息（附视频教程）首先我们要从TCGA中下载CESC的临床信息，在TCGA中搜索CESC，选择TCGA-CESC。找到clinical_stage这一列进行筛选，根据作者原文方法部分的描述，只保留clinical stage为 stage IA2到IIA的样本。N0代表没有淋巴结转移，N1、N2、N3代表淋巴结转移的程度，不同肿瘤代表的程度不一样，数字越大代表淋巴... 阅1958 转6 评0 公众公开 19-03-26 18:02 |
这可能是我用过的最没用的TCGA神器了……但实际上，这个TCGA神器，正确的功能，应该是来作为TCGA的共表达分析，这就需要从“基因”这个按钮，进入到里面，选择两个或两个以上的基因，然后来分析在不同的样本或者细胞系中的共表达情况：对与基因在TCGA的样本中的共表达，还需要在中间添加筛选需要分析的TCGA样本，具体什么肿瘤，什么器官等等：... 阅406 转4 评0 公众公开 19-03-16 11:51 |
这是数据更新最实时的TCGA网站，功能强大。本系列包括了TCGA本站中数据的浏览、下载，尤其是TCGA改版后的功能介绍(增加了OncoGrid展示)，然后是cBioPortal，TCGA数据在线提供的分析类型最多的一个平台，再是FIREBROWSE，比较不错的在线展示和方便的数据下载功能。TCGA网站主要提供的是数据的浏览和下载功能，可以根据项目、个体、数据类型、肿... 阅1185 转6 评0 公众公开 19-03-06 15:42 |
