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本系列包括了TCGA本站中数据的浏览、下载,尤其是TCGA改版后的功能介绍(增加了OncoGrid展示),然后是cBioPortal,TCGA数据在线提供的分析类型最多的一个平台,再是FIREBROWSE,比较不错的在线展示和方便的数据下载功能。
TCGA
OncoGrid
cBioPortal
FIREBROWSE
cBioPortal功能强大的TCGA再分析平台
这是数据更新最实时的TCGA网站,功能强大
BROAD开发的TCGA分析平台,强大的下载功能。特定基因表达谱查询类似于OncoGrid显示特定癌症中没Mb的突变率、突变类型、基因突变类型的分布。FIREBROWSE的特色是提供了比较多类型的关联分析。数据分析方法描述、下载把基因根据表达量的四分位数分为4组之后的生存分析结果数据整体下载,FIREBROWSE提供了一个脚本工具,可以按需下载
(点击图片查看最近关于GEO TCGA数据挖掘的培训课程)
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