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很多情况下，我们为了研究一个蛋白的重要性，需要查看这个蛋白在多个物种，以及与这个蛋白家族中其它蛋白的相似性，并构建进化树。今天我们就来说一下具体的方法，先介绍蛋白序列的获取和序列比对。 以Sox家族的蛋白为例，我们首先通过Uniprot数据库（http://www./）获取蛋白序列：
我们直接在搜索框中输入sox，单击search：
这样我们能看到各个物种中展示的结果，其中人里面有175个：
我们全部选择后单击左上角的下载，然后选择fasta格式的非压缩文件后直接单击GO就可以了：
这是打开后是序列，我们看到包括了Sox9，Sox2，Sox11等蛋白的序列，这样我们就拿到Sox家族的各条序列了，接来下我们进行序列比对。 接下来我们要用的工具软件是MEGA，可以从官网（http://www./）下载：
下载后打开后的界面：
接下来我们导入刚才查到的序列，单击Align选项下的Edit/Build Alignment，
创建新alignment，选择蛋白protein：
打开新的界面：
在这里面我们直接把刚才的序列复制进来就好了：
接下来我们进行比对，在Alignment里面有Alignment by ClustalW和Muscle两个选项，其中ClustalW常用于两序列比对，Muscle速度快，用于序列多的时候进行的比对，这里我们选择Muscle，选择所有序列后进行比对：
这里我们用默认的参数进行计算，序列比较多的话需要等一下：
上面是比对好的结果，图还是比较漂亮的，不过软件在导出图片的时候没有给出方法，大家先截图使用吧。 下期我们来介绍构建进化树的方法，看看如何做出下图的进化树：
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