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最近在使用一个与基因组组装相关的软件，ALLMAPS。但是在软件安装过程中也出现了一点点的小问题，在这里写出来，方便大家未来如果用到的话能够少走一些弯路。 ALLMAPS是一款利用多种类型图谱来辅助scaffold组装成chromosome的工具，其作者中文名叫唐海宝。他同时也是MCScanX 的作者之一。所以我相信这个工具还是比较值得信赖的。这是他的github地址https://github.com/tanghaibao。
根据作者github上的信息，ALLMAPS隶属于jcvi这个库，这个库是可以在bioconda的软件列表里找到的。搜索jcvi即可。 conda install jcvi
## jcvi是一个python库，其主要依赖于Biopython、numpy、matplotlib等。
## 大家可以用conda自己创建一个专门用来组装基因组的虚拟环境，以免与其他环境冲突
然后我们就可以拿ALLmaps的测试数据来进行组装了 # 把两个遗传图谱融合成一个
python -m jcvi.assembly.allmaps merge JMMale.csv JMFemale.csv -o JM-2.bed
# 利用融合的遗传图谱进行组装
python -m jcvi.assembly.allmaps path JM-2.bed scaffolds.fasta
## 到了组装这一步，发生了报错
21:34:29 [base] Load file `JM-2.fasta.sizes`
21:34:29 [chain] File written to `JM-2.chain`.
21:34:29 [base] liftOver -minMatch=1 JM-2.bed JM-2.chain JM-2.lifted.bed unmapped
/bin/bash: liftOver: command not found
## 讲的是找不到liftOver这个命令
这里有个小插曲，一开始其实是师兄去查看这个报错的，然后发消息跟我说是liftOver这个工具没装上。然后我就自作聪明地直接在作者的github里搜liftOver，发现其是pyliftover这个包里的。恰好bioconda提供下载，然后就顺理成章地conda install。结果一直安不上。 后来师兄才说，既然当初conda install jcvi并没有解决依赖环境，你自己当然不可能再用conda解决了。╮（╯＿╰）╭
然后再次阅读ALLmaps的文档，发现了下面这段话。 If you are somehow stuck, please check out our installation guide in heavy details. 然后根据他的提示，成功安上了liftOver等的可执行文件。 $ git clone git://github.com/tanghaibao/jcvi-bin.git
$ cp jcvi-bin/bin/* ~/bin # ~/bin is your own PATH
# git clone可能会不成功，这个可能需要大家自己去搜索解决问题。
但发现了第二次报错 sh: latex: command not found
## latex是一个排版工具，所以这里应该是最后出图的时候用到的。
然后我们就得再去安装latex了。 latex的安装非常的bug，而且大部分的中文教程都只是简单地提到要你sudo。-__-''
首先，我们进入latex的官网，看看人家怎么说的安装。然后我们一路点点点，来到了跟linux相关的Tex Live的安装页面。 其实对于初学者而言，Latex这个安装说明并不是非常的友好，我一开始看表示非常地懵逼。源码呢又不是源码，二进制文件又不是二进制文件。只提到了是跟一个 install-tl 相关的安装方式。就连他的镜像网址，也只是给出了一大堆文件让你下载，也不知道哪个是真正能用的。 包括其非root的安装方式，也就给了这段话。 You do not need to be root (administrator on Windows) to install, use, or manage TeX Live. Indeed, we recommend installing it as a normal user, except perhaps on MacOSX, where it's conventional to install as administrator. (Some information about shared installations.) Of course, you need to have permission to write into the destination directory, but TeX Live itself does not care if you are root or not. So, once you have the software, run the install-tl script to install (on Windows, install-tl-windows), like this: cd /your/download/directory
./install-tl # install-tl-windows on Windows
[... messages omitted ...]
Enter command: i
[... when done, see below for post-install ...]
无奈，我只能去谷歌上搜索 install texlive without root。然后发现了一个教程。然后按照了其安装方法安装。 # 看了教程我才明白，镜像那里一大堆东西，其实是install-tl的各种版本安装包，包括OS和windows等，以及一些其他的文件。
# 我们这里把install-tl下载了下来
wget https://mirrors-wan./CTAN/systems/texlive/tlnet/install-tl-unx.tar.gztar -zxvf install-tl-unx.tar.gz
## https://mirrors-wan./CTAN/systems/texlive/tlnet/这个镜像你也可以改成靠近你的镜像。
install-tl --location http://mirrors.sjtug.sjtu.edu.cn/ctan/systems/texlive/tlnet
# 但安装的时候，又会提示你
TEXDIR (the main TeX directory):
!! default location: /usr/local/texlive/2018
!! is not writable or not allowed, please select a different one!
## 这就是没有root权限的问题了╮（╯＿╰）╭
然后我们搜索TEXDIR (the main TeX directory): !! default location: /usr/local/texlive/2018 !! is not writable or not allowed, please select a different one!这段安装时候的信息，又发现了一个网站上大家问过同样地问题。并且已经有了回答 If you want to install TeXLive as a simple user (and not as root), you can do so by specifying another location for the installation: TEXLIVE_INSTALL_PREFIX=/path/to/install/dir ./install-tl
直到现在，我们才可以最终知道latex的怎么装了。 TEXLIVE_INSTALL_PREFIX=/path/to/install/dir ./install-tl --location yourmirror
# 不同的镜像效果是不一样的，我一开始用的是上交的镜像，不知道为啥中途会断。之后换了个上科大的，就可以顺利安装了。可能是上交离我们太近了吧。。。。。
latex的安装时间特别长，亲测大约需要1个半小时。安装完之后ALLmaps就可以顺利使用了！ 顺便说下，ALLMAPS的最终结果图非常漂亮，大家可以去尝试看看。
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