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在药物的研究过程中，菌物因固着生活和有细胞壁而归入植物界，但菌物和植物有着根本性的差别。 菌物不含叶绿素，植物有叶绿素； 菌物为异养方式，不能进行光合作用，只能摄取体外的有机物质供给能量；植物通过光合作用合成碳水化合物满足生长需要，属于自养方式； 菌物的细胞壁组成为甲壳质，而植物细胞壁中主要为纤维素； 菌物储存的为糖原，而植物储存的是淀粉。  同样，菌物与动物亦有很大区别。 菌物虽为异养型，但主要为腐生或寄生，有别于动物的异养摄生或异养摄食； 菌物为细胞外消化，即把其消化酶分泌到食物上，在胞外把食物分解后再吸收到胞内供利用，而动物为细胞内消化。 因此，基于菌物与动物、植物的上述明显差异，菌物既不宜归类于植物，也不能归类于动物，它们是一种独立的类别，与动物界和植物界共同组成地球上的生物群体。  菌物药有文字记载以来常归入“本草”一类，后逐渐演变为“芝草”，广泛传承相当长的历史阶段。而今可以肯定古时被称为“芝”的食药用物品中，部分就属于大型真菌。成书于公元前200年时的《尔雅》中出现了“菌芝”、“中馗”等菌类名称。东汉末的《神农本草经》中有了“青芝、赤芝、黄芝、白芝、黑芝、紫芝”等“六芝”记载。出现茯苓、猪苓、雷丸、桑耳、五木耳等菌类中药名称。南北朝的陶弘景在《本草经集注》以及《名医别录》中记载了“马勃、蝉花”等菌类中药。葛洪的《抱朴子》著录了“五芝”，即“石芝、木芝、草芝、肉芝、菌芝”，其中将“菌芝”单独列出，同时还记载了数百种菌芝名称。明代李时珍在《本草纲目》(1578年)中记述了约200种的菌类中药，如香蕈、马勃、茯苓、雷丸、鸡枞、木耳、槐耳、松蕈、杉菌、天花蕈、菰蕈、土菌、雪蚕、羊肚菜及“六芝”等32种，并从形、色、味、性能等方面明确了“六芝”属于灵芝等大型真菌药物。  常见于古籍记载及应用菌类中药如像灵芝(赤芝)、紫芝(紫灵芝)、皂荚菌(树舌灵芝)、马勃(大秃马勃、紫色马勃、头状马勃)、虫草(蝉化、蛹虫草)、雪蚕、雷丸、木耳、银耳、槐耳(槐栓菌)、茯苓、猪苓、鸡枞菌、香蕈(香菇)、乌灵参(黑柄炭角菌)、羊肚菜(羊肚菌)、桑黄(缝裂木层孔菌、火木层孔菌、哈尔蒂木层孔菌、橡胶木层孔菌等)、天花蕈等，其中有的名称及药用沿续至今。
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