MEGA可以基于序列构建进化树,并显示进化树,借助GSDS可以把基因结构和进化树合并显示。MEME可以分析蛋白序列motif,获得的结果文件中就能显示motif结果,但是导出保存成PDF或者PNG是个问题。 更何况将进化树、基因结构以及motif结构在一张图上显示,而不是利用PS去拼图?试了很多软件也没看到好用的?其实你用TBtools就可以了! 文件准备 下载最新版本的TBtools:https://github.com/CJ-Chen/TBtools 导入数据与设置 打开软件,点击上方Others——BioSequence Structure Drawers——Amazing Optional Gene Viewer 进入数据导入界面(见下图A)。绘制三图合一,只需要输入三个文件即可,分别对应nwk文件、gff3(gtf)文件和meme.xml文件,其他输入数据空置不动即可(见下图B)。 而在数据导入之后,进行基础设置,包括显示颜色渐变、进化树bootstrap、图片大小等等进行选择。之后点击开始即可。 细节调整与文件保存 执行上一步数据导入和设置之后,可以获得初始结果(如下图),图片中各部分的位置大小等需要相应的调整。 空间位置大小调节:单击选中对应的部分,譬如基因结构区域,之后长按此区域,进行左右拖动,并拖拽选定框红色位置进行整体大小调整(如下图A),其他区域的调整类似,例如调整之后可以获得下图B结果。 文本设置:文本部分右击,可以进行颜色修改等(见下图A),譬如修改填充颜色与文字颜色(见下图B),不过,从并未找到相应的文字大小调整的设置。 文件保存:选中界面下方Save Graph即可,之后在跳转窗口中选中保存格式即可。 其他 TBtools在结合基因结构和motif可视化方面操作非常简单,图片也相当漂亮。不过显示图片的图例顺序调整和文字调整方面还有一些困难,这些操作可能需要结合Ai等进行调整。如此可以获得一张合适的进化树、基因结构与motif结合的图片。值得期待的是TBtools的更新比较快,很多设置都在优化中,大家可以自己去试试哦。
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