|
没错，我既是也不是标题党。
Omicshare.com论坛约莫一周前推出了一个《进化树+热图：组合图的绘制》，详细可见 http://www./forum/thread-4152-1-1.html。当然，这个功能可以比较简单地使用大湿兄（你Y叔）的ggtree来实现。But，不同朋友的需求和渴望是不同的。好些朋友，其实最喜欢的，还是鼠标拖拖拖。
Omicshare的这一篇推文，用了Evolview。可以说是GUI操作的优解（在不考虑的网速的前提下）。看到这篇推文的第一感受是，“嗯，看来一些没开放的功能，总是有市场”。既然如此，那这里就提供一个操作最简解（意味着，用最短的时间，完成一件小事）。
用两秒打开TBtools
用三秒找到热图工具 “Other -> The Amazing Heatmap”
用一秒移动鼠标，点击 “start”
很快，弹出一个界面
再迅雷不及掩耳地移动鼠标，用大概一秒勾选 “Cluster Rows”
完成了！没错，这不是就是，传说中的进化树和热图吗？
左边是树！
右边是热图！
此刻你的内心可能是：“卧槽，这不是坑我吗？我要的树不是你的表达量聚类，我要的树是 进！化！树！，我用mega已经建好了”
“好嘛，其实确实是坑你，也不是坑你，下面才是正题”
首先，要有一颗树，
别问我怎么来的，你不知道MEGA吗？戳这里了解MEGA X >> 《你还在用MEGA６建树吗？全新的MEGAＸ来啦！》
((((((AT1G34310:0.01832699,AT1G34390:0.02089372)0.6520:0.00928834,AT1G35540:0.04225942)0.3380:0.00337229,(AT1G35520:0.02701717,(AT1G34410:0.03278447,AT1G35240:0.01216692)0.6770:0.00708695)0.6860:0.01174796)0.7110:0.01347494,AT1G43950:0.06761578)1.0000:0.15148331,AT1G34170:0.27009836)0.9990:0.13139532,((AT1G59750:0.16209628,AT5G62000:0.12192948)0.8270:0.04758202,(AT4G23980:0.12153553,(AT2G46530:0.02457361,AT3G61830:0.06143927)1.0000:0.10140654)0.8720:0.03339062)0.6350:0.03474045,(((AT2G28350:0.14231369,AT4G30080:0.17134387)0.9990:0.11035954,AT1G77850:0.33697647)0.9990:0.12453787,((AT2G33860:0.18889829,AT5G60450:0.19482683)0.9330:0.04436667,(AT1G19850:0.16165091,((AT1G19220:0.04009957,AT5G20730:0.06404069)1.0000:0.09369470,(AT1G30330:0.05788573,AT5G37020:0.05237076)1.0000:0.08512565)0.7560:0.02626773)1.0000:0.11177574)0.8980:0.05250781)0.8300:0.06272143);
大概是这个样子
然后，你需要这些ID对应的一个数值矩阵
这里其实我用的是拟南芥的ARF基因家族，是基因，又不是物种，所以我选择了某组数据的这些基因的表达量
别问我这个表达数据哪来的...我造的！
Gene Sample_1 Sample_2 Sample_3 Sample_4
AT1G59750 0.873962 0.302236 0.667482 1.561287
AT2G28350 13.232646 5.994311 14.637601 5.121174
AT2G46530 18.441479 49.410526 47.481171 42.209427
AT1G34310 53.350639 17.002918 46.182987 14.415534
AT1G34170 9.575786 8.346228 6.159993 6.558654
AT1G35540 0.971958 0.259463 0.626149 0.425583
AT1G35520 52.955803 68.118683 4.800652 35.826332
AT4G30080 22.914402 36.887058 55.113823 20.345955
AT1G77850 52.535053 41.46627 4.54835 25.713383
AT3G61830 6.92371 10.127393 5.817239 7.547413
AT1G19220 0.579687 0.287264 0.483563 1.161781
AT1G35240 25.260725 17.675121 18.78639 16.472118
AT1G34410 24.835691 96.532448 55.828251 67.79998
AT1G34390 5.531874 9.029633 5.548131 7.586032
AT1G43950 2.901683 2.572466 2.842174 1.274269
AT2G33860 37.530258 20.647579 26.907513 46.81934
AT5G60450 6.563606 9.553298 6.253934 3.608353
AT1G19850 8.864095 3.108024 2.239069 4.794781
AT1G30330 32.604336 49.159756 49.045727 44.879498
AT5G20730 16.751976 11.597924 5.578582 1.405158
AT5G37020 59.786579 11.777514 34.212585 12.252584
AT4G23980 22.717873 58.542236 21.504272 0.205218
AT5G62000 9.838851 6.823075 8.8611 4.879043
用两秒打开TBtools，
用三秒找到热图工具“Other -> The Amazing Heatmap” 用一秒复制数值矩阵，最好从Excel复制 补充一秒，复制树文本
用一秒移动鼠标，点击 “start”
等一秒看到图
你可能对配色，或者形状都有别的想法，那么就是界面其他摸索的问题了
或者这样，你想把你的MEGA进化树的Bootstrap也显示出来（事实上，raxml的nwk文本目前也支持啦）
修改形状
当然，剩下的就是对软件的了解了，你也可以直接保存成PDF或者svg，另外美化 这里摆一个暂时不能公开的图
使用的数据是 一个 某几类性状的指标
当然还有一颗物种树，大概是
当他们用TBtools来可视化的之后（当然，在显示进化尺度的数值变化的同时，我还在列进行了聚类），那么是这样的，其中灰色的圆圈表示缺失数据
超时了。本来想半个小时搞完的，没想到找示例数据是最麻烦的。
浪费了40多分钟。总之，这是一个解法，感兴趣的欢迎使用TBtools。
|
