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1. 安装 从Mega网站下载安装Mega 4版本按默认安装。http://www./ 2. Mega文件生成 2.1. 已有Mega文件 打开Mega程序的主界面， click me to activate a data file这个操作就打开了mega文件，然后执行相关的操作。Mega是一个free软件，所以请大家一定要在参考文献中列出Mega的出处，具体的文本在查看进化树的窗口菜单中点caption就可以得到。 2.2. 无Mega，仅有fasta文件 双击准备好的fasta格式的序列文件，默认使用mega打开。 打开后Ctrl - A选定全部，执行Alignment > clustal W（默认参数） 转换成meg格式：data > export to > Mega，选择地点和名称，输一个标题，不用蛋白数据了。关闭这个窗口，程序会询问“open the data file in Mega”，确定，即可打开刚才保存的文件。 3. 建树 在标题为Mega 4.的这个窗口中执行建树： 建树：phylogeny > construct phylogeny > NJ > Method(NJ) > Gap ( pairwise deletion) > method(nucleotide > jukes-cantor > test > bootstrap > replication(1000) > computer。此中参数选择是否正确我未知，请各位自行选择。 得到两张图，Original tree / bootstrap consensus tree，用后面那张图，接下来对图形进行修改。 选择outGroup，subTree > root，然后就可以用鼠标去选择外群了，如果是做物种的系统发育关系，则外群应该选择远缘关系的，如果是做群体即一个物种下的，则外群要选择近缘的； 子树的翻转和颠倒等等操作，subTree > flip 或者是subTree > roll，选定后用鼠标去点节点就是了。 Caption功能：单击后生成文献中该图的标题、备注说明，使用到的文献等，这个功能很好用，写文章会需要的。 图形的美化：view > option > tree: 设置图形的宽度（这个很有效，可以让图形漂亮很多），行距（让行间距不要太小），图形的比例尺长度，比例尺大小；view > option > branch，设置分支线的粗细颜色，bootstrape的frenquency值是否显示（就是98，80之类的），字体大小，颜色，与分支线的位置关系等等，下面是显示length，这儿就是距离值；view > option > Labels 这里边的taxon name就是我们使用的序列文字，种名常常要改成斜体，字体改成Time New Roman等等，marker是这个节点的文字前面的标志，可以放上圆圈之类的，在下面的方框中选择要放置标志的taxon name，选择shape和color就对了；scale是比例尺。 Subtree的设置，作用域只在该子树中，而且总的option无法影响该部分。Property > Name/caption是该子树系列的名称，放在子树的后面；Property > display 中选择display bracket，通常选择方括号，后面跟上前面设置的该子树名称；image，在这之后可以设置一张图片，图片的上缘位置和这棵子树的上缘相同，可以把相关的一些照片放上去，比如菌啦，采集地等等。 改好后就象这样  另存成 emf和tiff两种格式，就可以在其它地方使用了，前者是矢量图，后者是点阵图，所以要把宽度等参数设得大一点，否则在word中可能出现锯齿。 换用另外两种方法绘制图形，比较它们之间的区别，看哪种方法会更加符合实际的分类特性。 注：phylip做出来如果是等长的树只是拓朴树，只反应进化关系，上面的数值表示bootstrape的校验结果；不等长才是进化树，其长短代表进化的距离远近。据说树bootStrape的值大于70%才是比较有效的。 |
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