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从1993年的第一版到今年发布的MEGA X，在这25年间，MEGA的下载次数达180多万，有10万多次引用。MEGA毫无疑问是目前科研人员使用最多、体验最好的进化树构建软件。
新版的MEGAＸ主要特点是大数据运算能力的增强，并支持多种计算平台，如下图。大家可以到MEGA的官网（https://www./）下载MEGAＸ（下载速度可能有点慢），为了方便大家下载，OmicShare论坛也提供Windowｓ系统的安装包（图形界面版），点 阅读原文 查看。嗯... mac OS 的版本还未更新。
从软件界面的风格来看，MEGA X与MEGA7还是有较大的差异的，如下图。
MEGA X 的主界面
MEGA 7 的主界面
下面就用自带的示例文件，体验下使用新版的MEGA构建进化树。首先，点Data按钮，导入示例文件（Unaligned HSP20 sequence datafor four species），文件为fasta格式，如下图，整个过程与MEGA7区别不大。 接下来，在当前的 Alignment Explorer 窗口，进行多序列比对，方法选 clustalW，如下图。 为了方便进行尝试用多种方法进行建树，可以把对位后的序列文件保存一份，这里保存MEGA自身的meg格式（如下图），当然，你也可以保存为fasta格式。
接下来开始构建进化树，在主界面点击PHYLOGENY按钮，选择建树的方法（这里用NJ法）进行建树。 Test of phylogeny设置为 Bootstrap method，重复次数一般选1000，这里仅作演示，值为500。 点OK按钮后很快即可完成进化树的构建，结果如下图。 如过想对进化树进行更细致的美化，可导出为Newick格式的进化树，便于在iTOL，Evolview，Figtree等工具中进行更复杂的调整，比如添加分类颜色，标记，和条形图、热图的组合等。这里仅作简单体验，更详细的教程见下文的 拓展阅读 部分。
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