|
今天我们来介绍一下circRNA的引物如何设计，以这篇文章（CircPrimer: a software for annotating circRNAs and determining the specificity of circRNA primers.BMC Bioinformatics. 2018 Aug 3;19(1):292. ）介绍的工具CircPrimer为例进行说明，如果大家以后用到了，可以引用这篇文章。 首先我们打开BIOINF（Center of Clinical Laboratory Science, Jiangsu Cancer Hospital）的网址：http://www./， 在上图中我们选择CircPrimer可以进行下载： 在download中可以选择circPrimer.zip或者circPrimer.rar格式的软件，也可以直接下载中文说明书。 需要说明的是，这个软件的对应的物种是human，如果你研究的是小鼠，那可以下载CircPrimer(mmu)，即上图中右侧的选项： 软件下载后打开界面是这样的： 关于具体如何使用CircPrimer软件，官方给出了9页的中文说明书，大家根据说明书直接使用即可： 我们看到这个软件的功能包括了： （1）注释环状 RNA 的外显子和内含子构成 （2）图形化注释环状 RNA 序列在亲本基因中的功能 （3）检索 circBase 中的环状 RNA （4）获得环状 RNA 的剪切序列和基因组序列 （5）辅助设计环状 RNA 背靠背引物 （6）辅助设计环状 RNA 引物跨剪切位点的引物 （7）测验引物的特异性 （8）图形化显示引物在环状 RNA 中的位置 （9）将序列转换为反向互补、反向和互补序列 详细的操作流程可以直接看中文说明书： 好了，大家自己去下载使用吧。 |
|
|
