LncBook:请检索LncRNA知识宝库

LncBook:请检索LncRNA知识宝库

导语

由中国科学院科北京基因组研究所研究人员开发了LncBook数据库，该数据库以《a curated knowledgebase of human long non-coding RNAs 》为题在国际学术期刊《核酸研究》（Nucleic Acids Research）在线发表。

LncBook数据库简介

近年来，有关lncRNA的研究一直是国际热点，研究表明，lncRNA在多种生物过程中发挥了重要作用并与疾病的发生密切相关，但lncRNA的注释信息及质量仍远远落后于蛋白编码基因。LncBook数据库不仅提供了丰富的高质量人类lncRNA数据集，还进行了大规模的多组学数据分析，以及系统的功能与疾病注释，为功能实验研究及生物信息学分析提供了大量可用信息与数据。

检索界面请输入：http://bigd./lncbook

基于严格的审编标准，LncBook整合已有lncRNA数据并鉴定新的lncRNA，共获得270,044个lncRNA转录本。在此基础上，LncBook在lncRNA表达、甲基化、变异、miRNA-lncRNA相互作用这些多组学层面进行大规模深层次的数据分析。

在表达层面，绘制lncRNA在32或者53种正常人类组织中的表达图谱，并鉴定出49,115个高度组织特异（tissue-specific）和819个持家（housekeeping）lncRNA；

在甲基化层面，构建lncRNA在9种癌症中正常与癌症状态下的promoter及body区的甲基化图谱；

在变异层面，基于dbSNP数据库SNP位点注释lncRNA区域92,725,757个SNP最小等位频率（基于千人基因组数据）、ClinVar与COSMIC疾病关联信息；预测了128,392,451个lncRNA-miRNA的相互作用条目。

上述结果以图或表的形式展示在LncBook数据库中，相关信息均可免费下载。基于以上数据，LncBook还预测了97,998个潜在的疾病关联lncRNA。此外，在LncRNAWiki的基础上LncBook对1,867个文献报道lncRNA进行了系统的功能与疾病信息注释。LncBook作为重要的lncRNA资源库，提供了目前为止数据量最为丰富的人类lncRNA数据。作为LncRNAWiki数据库的补充，LncBook具备友好的查询、浏览与可视化功能。用户可通过ID／symbol、功能、疾病名称等检索lncRNA信息，浏览指定lncRNA的多组学信息，并通过ftp下载所有相关注释信息与分析结果。此外，LncBook还提供了可用于lncRNA序列比对、分类、编码能力预测等研究的工具，方便在线分析。

lncRNAWiki 2015与LncBook主要差异

LncBook对lncRNA数据录入与整合流程

检索案列

以HOTAIR为检索关键词：

A为组织表达数据

B.为启动子甲基化水平

C.为遗传变异

D.相互作用的miRNA及其数据注释

E.功能注释

F.基于文献的疾病相关性注释

工具箱

网站提供4个工具

BLAST：序列比对工具，确认序列的详细信息

LGC：编码潜力计算

Classfication：lncRNA基于位置的分类

Cnvernsion：为了方便跨库检索，提供ID转换

参考文献：

Ma, Lina, et al. 'LncBook: a curated knowledgebase of human long non-coding RNAs.' (2018).

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