LncRNA一直是近些年来的研究热点,如何才能让人快速掌握一条LncRNA的相关信息呢?今天笔者给大家推荐一个相当好用的查询LncRNA信息的网站——LncBook。 LncBook是研究LncRNA的重要数据库,作为目前为止数据最为全面的LncRNA数据库,LncBook已经收录了27万条LncRNA,包含1800多个目前已知功能的LncRNA。根据该网站可以查询LncRNA的功能、表达量、甲基化程度、互作RNA以及相关疾病。下面直奔主题,给大家说说如何运用这个数据库。 首先进入LncBook网站,网址为http://bigd.big.ac.cn/lncbook/index。下面以lncRNA THRIL为例给大家讲解,在搜索栏中输入LncRNA名称THRIL。点击搜索后,显示以下界面: 界面的下方,出现该LncRNA的相关信息,主要是其基因编号、转录编号和类别。选择一种编号方式进入。 界面中会显示lncRNA THRIL的总体信息、别名、编码能力、序列、表达、甲基化以及功能等相关信息。选择任意一项都可以查看,比如在这里我选择sequence,就可以获得该LncRNA序列,点击旁边的向下箭头就可以下载序列,相当方便。 选择Expression栏,可以查看lncRNATHRIL在机体各种器官中表达情况,点击右上横框还可以下载该表达量图片。 选择Methylation栏目,可以查看lncRNA THRIL在常见的几种癌症组织或者正常组织中的甲基化水平,同样,显示的图片也是支持下载的。 选择Interaction栏目,可以用查询到与lncRNA THRIL互作的miRNA,这对于机制的探究至关重要。 选择Fuction栏目,可以用查询到lncRNA THRIL发挥功能的作用机制,点击PMID号,还可以查询到对应的文献报道,以及该文献目前被引用的次数。 选择Disease栏目,可以用查询到lncRNA THRIL与疾病之间的关系,这样方便大家快速了解该LncRNA在疾病中的作用。 除了上述功能外,该网站还有多种资源,点击home返回首页,可以看到其它可以查询的八种资源。 在LncRNAs库中包含270044条LncRNA,可以根据染色体、长度和GC含量来查询LncRNA情况。 Featured LncRNAs库中含有1867条目前已知能够的LncRNA,可以根据基因编号和转录编号等多种方式来查询目的LncRNA。 在Function库中包含LncRNA的3762种功能,其中主要包括转录调控、ceRNA、剪接调控、转录调控、蛋白定位和RNA干扰等6种发挥功能的方式,同样可以根据多种方式进行查询。 在Diseases库中包含1502条已经报道和疾病相关的LncRNA和979987中预测和疾病相关的LncRNA,可见还有多种值得探究的LncRNA,发展潜力十分巨大。可以选择预测的LncRNA进行研究,这样更容易找到课题和发表文章。 在Expression库中包含819条管家LncRNA和49115条组织特异性LncRNA,可以选择HPA或者GTEx两种数据来源。 在Methylation库中包含9中癌症中LncRNA的甲基化程度,可以查询LncRNA在不同肿瘤中甲基化情况,这完全可以为课题提供完美的思路和机制。 在Variation库中包含92725757个SNP位点,根据所处染色体可以查询目的LncRNA。 在Interaction库中包含128392451条LncRNA和miRNA互作的信息。 除了这些可用资源库,该网站还提供了序列比对、编码能力预测、分类和LncRNA编号转换等四种实用工具,方便大家快速查询。 |
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