这个基因做了这么多年，促癌和抑癌的报道都有，原因终于搞清楚了！

10月22号在Nature Genetics杂志上发表了一篇名为：Long noncoding RNA MALAT1 suppresses breast cancer metastasis.Nat Genet. 2018 Oct 22. doi: 10.1038/s41588-018-0252-3. 的文章：

题目开门见山：lncRNA MALAT1抑制乳腺癌的转移，我们知道：题目越短，信息量越大。

说起来，MALAT1是一个很“老”的lncRNA了，可问题是前期的研究发现MALAT1的功能不一致，这才是要强调MALAT1抑制乳腺癌转移的原因。

大部分的研究说MALAT1促进乳腺癌等肿瘤转移，比如:

• Long non-coding RNA MALAT1 promotes proliferation and invasion via targeting miR-129-5p in triple-negative breast cancer.Biomed Pharmacother. 2017 Nov;95:922-928.

• High Expression of Long Noncoding RNA MALAT1 Indicates a Poor Prognosis and Promotes Clinical Progression and Metastasis in Bladder Cancer. Clin Genitourin Cancer. 2017 Oct;15(5):570-576. 

• LncRNA MALAT1 promotes proliferation and metastasis in epithelial ovarian cancer via the PI3K-AKT pathway.Eur Rev Med Pharmacol Sci. 2017 Jul;21(14):3176-3184.

• Long non-coding RNA MALAT1 promotes gastric cancer tumorigenicity and metastasis by regulating vasculogenic mimicry and angiogenesis.Cancer Lett. 2017 Jun 1;395:31-44. 

• Overexpressed MALAT1 promotes invasion and metastasis of gastric cancer cells via increasing EGFL7 expression.Life Sci. 2016 Jul 15;157:38-44.

等等，前前后后有几十篇，确实非常多。

而MALAT1抑制乳腺癌等肿瘤转移的研究则相对少一些，比如:

• Expression of long noncoding RNA MALAT1 correlates with increased levels of Nischarin and inhibits oncogenic cell functions in breast cancer.PLoS One. 2018 Jun 18;13(6):e0198945. 

WTF？MALAT1到底是促进转移还是抑制转移的？！什么情况？！

要是我们判断的话，多数会认为MALAT1是促进肿瘤转移（因为大部分的研究报道的是促进的嘛），并怀疑发表在Plos One上的这篇文章的可靠性？

了解了前面这些研究进展，我们就知道Nature Genetics这篇文章的意思了：lncRNA MALAT1的功能是抑制肿瘤转移的！之所以出现促进转移的表型，是因为在对MALAT1进行基因敲除时，不仅lncRNA MALAT1表达异常，其临近基因（如Neat1, Frmd8）的表达也发生了变化！

MALAT1这个基因所在的位置比较特殊：MALAT1位于临近基因的转录调控区域：

通过上面这张图我们来说明一下。MALAT1基因在DNA上有两个作用：

①是转录出lncRNA MALAT1，lncRNA MALAT1以RNA形式发挥作用；②MALAT1基因的这段DNA序列同时又参与了临近基因Frmd8、Neat1等的调控，这时发挥作用的是DNA序列。

所以当我们通过基因敲除把这段MALAT1 基因的DNA序列干掉后，两个作用都会受到影响，从而表现出特定的表型：比如肿瘤转移。

可问题是：这个表型到底是哪个作用的结果呢？是因为MALAT1 基因DNA序列缺失导致MALAT1 这个lncRNA不能产生的造成的，还是因为这段序列缺失导致对临近基因的调控异常（比如蛋白不能结合这段DNA序列）造成的？

这个就是lncRNA研究的一个重要问题：当lncRNA对应的基因（DNA）同时位于其它基因的调控位置时，需要区分基因敲除所导致的表型是lncRNA本身还是调控序列。

为了解决这个问题，我们有两个对策：

（1）通过RNA干扰（shRNA或者siRNA）对lncRNA进行敲减。这个问题我们讨论过。优点是：RNA干扰发挥的水平是RNA水平（可以区分lncRNA本身还是DNA的调控序列），缺点是：对于MALAT1这种定位在细胞核内的RNA是否有效很难说，因为一般认为RNA沉默主要发生在胞浆里面。