写在前面 首先吐槽一下，生信大神们写的推文对于我这种非生信人员（医学类）来说不太友好，毕竟在我们的世界，用SPSS，Graphpad prism已经够酷炫了，并且我们可能从来没听说过R和linux，是计算机二级也没考过的那种小白。
所以你们的推文我都看不懂，让我咋学啊？到底懂不懂我的绝望啊！摸爬滚打了2个月，终于从离入门还有5 km的位置，一只腿迈入生信大门的我，感觉非常有必要在生信推文界，有我们自己人（非生信人员）的学习经验介绍（今天废话比较多，毕竟刚开始写还是很能叨叨的）。 Sooooo，欢迎来到春卷的周六R现场~ 希望能给辛苦工作/学习了一周的你，带来一点简单轻松愉悦的R语言体验！在开始学习之前，问你们一个直击心灵的问题，请问R语言在你的脑海中是一个什么构架？
你可能会说，emmm…好像是个统计画图用的软件，能画热图、火山图那种high bigger图的那种软件
你可能还会说（托腮）：可以用来下载公共测序数据（GEO/TCGA），然后data mining的
That's enough！不同于本身就热爱生信的大神们，有多少小伙伴学习生信不过只是为了给自己的科研打一点辅助？没错，我也不是一个纯做生信的小卷卷~那为啥学R嘛~还不是因为作图酷炫，既然要酷炫的作图，当然少不了ggplot！如果你以前不知道ggplot是一个超强绘图R包的话，那么现在，你知道了！ 准备工作：一台电脑，安装R+Rstudio软件 注意！R和Rstudio必须同时安装，Rstudio是一个IDE（框架），美化了R语言的界面，使得R运行起来简单方便。也就是说，R是脑子，Rstudio是脸，没有脑子，Rstudio是没用的，Rstudio美观化了R，我们才能继续对R感兴趣。（如果还有需求更加仔细的从头介绍R语言，请留言让我知道~，） 注意，R文件要放在全英文路径之下，中文有可能会出错，如果你电脑的用户名是中文的，环境变量带有中文字符，那么八成是会报错的，不要问我怎么知道的。 step 1 安装ggplot包 小声比比，什么是R包？为啥安装了R+Rstudio这两软件后，你还说让我安装R包，你不是骗我吧，怎么安这么多东西？
R语言是一个开源软件--讲人话！就是一个公开的软件，意味着不仅免费，任何人都可以修改，并且都编辑想要的匹配R包，正是因为这个原因，R被许许多多的计算机大神加持，衍生了许许多多的函数包，从而集之大成，练就了无敌神功，成为了数据统计和绘图界的No.1！所以，当我们有更多的需求，R语言自带的函数包不能满足的时候（比如想画更加漂亮的热图），我们可以找外挂，加载一些特别棒的包进来，满足我们的品位。那么ggplot包是目前推文比较多的。。。所以我学了。。。介绍给你们哈！ install.packages('ggplot2') ## 安装R包
R语言的语法和linux系统一样，基本格式是 命令+对象 install.packages 是命令，对象是'ggplot2'，合在一起，就是：R语言，我代表月亮命令你，给我安装一个'ggplot2' 包。 然后R语言会告诉你，好的，我下载。。。我装。。。我装好了！ 发现没，R是一个交互式软件，就是你要跟它对话，告诉它要执行什么命令，执行的情况它会不断的反馈给你，怎样，其实没有这么难的对吧！
library(ggplot2)
# 加载包，是的，下载下来还需要加载，相当于激活操作~
?ggplot2
# 要是没有春卷给你叨叨这是什么包，你可以自己问R语言，命令是问号“？”
发现没，有一些符号也是命令的一种，以上语句可以翻译为：R语言，我代表月亮命令你，告诉我ggplot2是个啥玩意！之后，R语言会调出说明书来给你瞧~step 2 绘图--散点图 在心里默念一下我们常用到的图，散点图，曲线图，柱状图，生存曲线图。。。热图，火山图（你是认真的吗），那么我们从最基本的学起。
那么在R语言中如果要画散点图呢？？参照上面的语句，是不是可以这么对R语言说：R语言，我代表…命令你，给我把数据xx，画成散点图，然后横坐标名字是xx，纵坐标名字xx。那么如何，将以上命令转换成为代码呢？ 首先我们介绍一些测试数据--简单看看本节选取1999-2008年美国流行车耗油量的数据集（mpg）进行叙述----mpg是R语言内置的一些练习用的数据，O，忘了告诉你们函数包，R语言除了包装有函数命令，常规情况下还会内置一些练习数据，帮助学习，很棒吧！ cty和hwy——城市和高速路行驶中的耗油量 displ——排气量 drv——动力传感系统 model——车的模型，数据中包括38种 class——车的类型，双人座、SUV、紧凑型等
每一个ggplot2图有三个关键组件： - 1. 数据 - 2. 数据变量和可见属性的图形映射 - 3. 至少一层描述如何表达可见性的图层。 step 2.1 R 语言自带散点图--非常详细的代码拆分 # R语言自带的绘图命令是----plot---发现没，很多英文单词就是一个命令
# x轴数据是mpg数据中的displ---x = mpg$displ
# y轴数据是mpg数据中的hwy---y= mpg$hwy
# 标题是“R语言自带绘图”---main = 'R语言自带绘图'
# x轴标题是“displ”---xlab = 'displ'
# y轴标题是“hwy”---ylab = 'hwy'
# 好，把以上代码组合起来，最后如下图
plot(x = mpg$displ,y= mpg$hwy,main = 'R语言自带绘图', xlab = 'displ',ylab = 'hwy')
step 2.2 ggplot2 美化绘制--仔细看代码拆分 # ggplot2绘图的命令是gpplot（我看说明书知道的）,绘图代码如下
ggplot (mpg, aes (x = displ, y = hwy)) + geom_point()
# 拆分代码解释如下：
# ggplot：绘图的命令 对（）内的数据进行绘图
# mpg：需要绘图的数据集---即 数据
# (x = displ, y = hwy)：很容易理解，X轴，Y轴---即数据变量
# aes，通过?aes得知，这是一个图形映射---即可见属性的图形映射（深奥，不理解算了）
# + geom_point() ：点---如何表达可见图层
# 合在一起翻译为：自己翻译好吧~
好，今天能理解这幅图，那就是相当棒棒的了~ ~R语言入门没什么的，消除不必要的恐惧感和抗拒感，其实就是学一下这个软件的逻辑，然后自己去体验一下就好啦！有什么问题请留言告诉我，我真的很希望能够把生信相关的东西，能用最简单直白的语言告诉大家，一起加油吧~对了，可以的话，帮忙点一下下面的广告哦~毕竟春卷小姐姐花了4个小时写这篇推文，希望能帮到泥萌~加油！
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