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R语言中，如何设置当前工作文件路径？在R语言中，需要的分析的数据所在位置与其默认的工作文件夹所在位置往往并不一致。1、将待分析数据直接拷贝至默认的工作文件夹所在位置。2、转变工作文件路径。使用setwd()转变当前工作文件路径为指定路径。注意：转义符\在路径中会报错，把\改为/即可。另外，点击File→Change dir...可以直接修改工作文件... 阅4076 转2 评0 公众公开 19-02-17 13:34 |
芯片的表达矩阵 exprSet = exprs(sCLLex)RNA-seq表达矩阵 exprSet = assay(ariway) # assay获取表达矩阵# 对象时一锅粥都有，用@符号表示，用$符号来取，用大的包来分析大部分包从基础变量开始，变量为矩阵、数据框、列表、数组、exprSet[1:4,1:4]boxplot(log(exprSet+1)) # normalization的一种方式。apply函数族的向量化运算是基于R语言函... 阅894 转3 评0 公众公开 18-12-30 14:19 |
《R语言科学编程及仿真》读书笔记。难的是由初级进入中级，没有好的书，没有人指导，没有自己死磕，很多时候就停留在入门阶段，而这个阶段的书实际上特别难找，有的是各种各样教人入门的书，也有的是各种各样专题式的高级的书，而中间往往断层，没有衔接。《Introduction to Scientific Programming and Simulation Using R》这本书的笔记已经... 阅123 转1 评0 公众公开 18-12-30 14:06 |
方法二：library(survival) cindex cindex$c.index; cindex$lower; cindex$upper[1] [1] 0.3010949[1] 0.4181514.方法四：library(survival) > library(Hmisc)> fp cindex=1-rcorr.cens(fp,Surv(result$os, result$Event1)) [[1]]# > cindex[1] 0.6796226. 阅1673 转2 评0 公众公开 18-12-30 13:17 |
数据挖掘专题 | 使用ggpubr绘制箱式图（基础篇）可见，对于ToothGrowth中的supp列定义的OJ和VC两组，其len的差异显著性为p=0.0645，而两组间差异分析默认Wilcoxon test：compare_means(len~supp, data = ToothGrowth, method = ''''''''t.test'''''''', paired = TRUE)line.s... 阅1579 转6 评0 公众公开 18-12-28 07:45 |
视频教程：R语言recharts包绘制交互式图形。link % setTitle(''''''''wt vs mpg'''''''', paste0(''''''''[Motor Trend]('''''''', link, '''''''')''''&... 阅37 转0 评0 公众公开 18-12-27 02:48 |
R语言的脑回路--我们不一样？大家对于“向量--vector”这个词的印象，可能是初中还是高中数学提到的一个带有方向的箭头，因此我们来对比一下：数学上的向量 vs R语言中的向量--这个对比绝对是原创，如有雷同，纯属大家脑回路一致。由此大可以理解，向量型的数据是什么样了，但这里要提醒一点的是，R语言的向量还分：数值型（只有数字）、字符型... 阅45 转0 评0 公众公开 18-12-23 11:05 |
PCA分析OTU表和可视化# 菌群数据实战# 读入实验设计design = read.table(''''''''design.txt'''''''', header=T, row.names= 1, sep=''''''''\t'''''''') # 读取OTU表otu_table = read.delim(''... 阅64 转0 评0 公众公开 18-12-23 10:59 |
library(ggfortify)set.seed(1)res mp mpclass(mp)mp + theme_bw()mp + (ggplot(trees, aes(Girth, Volume)) + geom_point()) + (ggplot(trees, aes(Girth, Height)) + geom_point())mp[2:3]mp[[1]]library(ggfortify)set.seed(1)res mp mpclass(mp)mp + theme_bw()mp + (ggplot(trees, aes(Girth, Volume)) + geom_point()) + (ggplot(tre... 阅527 转0 评0 公众公开 18-12-22 09:54 |
R语言交互式可视化包CanvasXpressCanvasXpress包简介。vignette查看更多示例# 显示该包中所有示例，目前有开始和额外两类vignette(package = ''''''''canvasXpress'''''''')# 分别展示每个示例# 初级入门教程，也是上面提到的例子vignette(''''''... 阅20 转0 评0 公众公开 18-12-22 09:53 |
