【原】mirDIP:最全面的人类miRNA靶基因数据库

miRNA靶基因预测是研究miRNA功能机制必经的一个环节，现有的相关软件和数据库非常多，然而不同软件的算法各有优劣，在不同数据库之间的交叉检索费时费力，所以需要一个整合多个数据库和软件资源的集成型数据库，mirDIP就是在这样的驱动下产生，集成了30个来源数据库中human相关的靶基因信息，网址如下

http://ophid./mirDIP/index.jsp

在Statistics页面，可以看到详细的来源数据库和对应的数据量信息，示意如下

可以看到，去除冗余之后，共包含27667个基因，2586个miRNA, 约152万条miRNA-target gene信息。

mirDIP不仅仅是做了一个简单的数据整理和去冗余工作，对于来自多个数据库中的靶基因信息，首先对其进行了归一化。将所有靶基因按照可信度从高到底排列，将其归一化到0到1这个区间，0代表可信度最高，1代表可信度最差， 然后利用各个数据库中归一化之后的数值，给出一个总的打分值，公式如下

就是用1减去各个数据库中归一化之后的数值的乘积，根据靶基因对应的score值，划分成了4个范围，示意如下

按照score从大到小排序，前1%称之为Very High, 接下来依次为High, Medium, Low。

官网提供了以下3种检索方式，可以灵活选择

1. Undirectional search

这种方式直接检索mirDIP中整理好的非冗余数据集，可以根据miRNA ID或者gene symbol进行检索，检索结果示意如下

2. Bidirectional search

这种方式可以根据特定来源数据库对结果进行筛选，示意如下

3. miRNA-gene matrix

这种方式采用matrix的形式展示多个miRNA或者gene的靶基因结果，示意如下

在最后一列会给出共有的miRNA个数，可以用于分析多个miRNA共有的靶基因。

检索结果可以下载，在检索框下方的工具条可以选择下载的格式，支持CSV和TAB两种格式，示意如下

该数据库可以免费下载，而且提供了API服务，可以方便的获取数据。

该数据库为miRNA靶基因数据的整合提供了一个良好的参照，可以采用相同的思路来整理小鼠，大鼠等常见物种的靶基因数据库。

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