miRWalk是一个综合性的miRNA靶基因数据库,收录了人,小鼠等多个物种的miRNA靶基因信息,和mirDIP类似,也是一个整合型数据库,整合了来自miRDB, TargetScan, miRTarBase等数据库中的信息,网址如下 http://mirwalk.umm./
该数据库中共包含以下5个物种的miRNA靶基因信息 human mouse rat dog cow
官网提供了两种检索功能 1. 一次检索一个miRNA/gene检索框如下 对于miRNA , 支持mirBase数据库中的ID和编号,也支持miRNA family的名字。 对于Gene , 支持gene symbol, Entrez Id, Ensembl-ID等多种格式,也支持输入对应的转录本ID, 比如Refseq 和Ensembl 数据库中的转录本ID。 检索结果如下所示 页面非常简洁,只有一个结果下载的功能。 2. 一次检索多个miRNA/gene检索框如下 支持一次检索多个miRNA 或者Genes ,适用于分析转录组数据得到的差异gene/miRNA对应的靶标信息,也支持按照pathways 进行检索,适用于直接从功能角度研究某条通路下的靶标信息。 以Genes 为例, 检索结果如下 最上方的下拉列表,可以对结果进行筛选,即可以筛选多个数据库中共有的靶基因信息,也支持根据结合区域所在位置和score值进行筛选。 除了结果导出外,还提供了miRNA和靶基因之间的调控网络可视化功能Graph 和基因集富集功能GSEA 。 对于Graph 而言,结果示意如下 用黄色代表miRNA, 蓝色代表gene, 支持导出为SVG , PNG , JPG 等格式。 对于GSEA 而言,支持以下功能的富集分析 reactome pathway kegg pathway Gene ontology
结果示意如下 相比mirDIP , miRWalk 提供的物种更多,而且调控网络的可视化和GSEA 富集功能也非常的实用,但是由于整合的数据集较少,如果只是分析human 中的miRNA靶基因信息,用mirDIP 会更加全面一些。
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