哺乳动物中的miRNA通过结合转录本序列的3’UTR区,从而发挥转录后调控作用。TargetScan是一个专门分析哺乳动物miRNA靶基因的软件,并且根据已有的分析结果整理成了数据库,网址如下
根据不同的代表物种,分成以下几个子数据库
在预测miRNA靶基因之前,首先需要确定转录本的3’UTR区域,该数据库通过一种名为 并且结合该技术的分析结果和NCBI中已有的3’UTR注释,提供一个综合的3’UTR区序列。 我们都知道miRNA在不同物种间具有保守性,通过预测不同物种的miRNA靶标位点,targetscan的开发团队发现其结合位点也具有一定的保守性,可以划分成以下几类 进一步根据结合区域的特定和miRNA的多序列比对结果,划分成不同的miRNA family, 通过以下链接可以查询targetscan整理的miRNA family信息
根据序列在不同物种间的保守性,将miRNA family划分成以下4类
以 在该数据库中, 还包含其他物种的miRNA靶基因信息,比如 当然是不一致的,官方的说法是两个数据库中确定3’UTR区域的方式不同,对于 对于搜索功能,有以下3种用法 1. 检索基因支持gene symbol和Emsembl id两种格式,检索结果示意如下
2,检索转录本支持Emsembl transcript id, 检索结果示意如下 首先用一张图来总体描述该转录本上的miRNA结合位点,具体的结合区域信息以表格形式展示,如下所示 3. 检索miRNA根据miRNA family的名字进行检索,结果示意如下 除了在线检索,官网也提供了下载功能,同时提供了数据和软件,链接如下
通过TargetScan, 可以方便的检索哺乳动物中的miRNA靶基因信息。 ·end· |
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