群体选择性清除检测（二）——R包PopGenome

R包popgenome

2014年发表在MBE上，

至今已经被引129次！！！

为什么说这个R包很厉害呢？

可以做单基因的选择性信号检测，相比于绝大多数软件的滑动窗口，这也算是一大特点吧。

（也很可能是我用过的软件太少）

简单介绍一下：

文件准备：

VCF：tabixed VCF files  （htslib  bgzip & tabix）

GFF: 基因注释文件，不能有空格和##否则不能识别gene位置等等，切记格式；

群体信息(以2个群体为例)：pop1,pop2  （tab分隔或者单行都行）

###PopGenome.R######VCF(after bgzip and tabix)###GFF(no blank line and \#)###population information:pop1(under selection),pop2(wild/natural)###Rscript $0 VCF_file gff_file pop1 pop2 chromosomesetwd('PATH');##加载popGenome包library(PopGenome);args<-commandargs(t);##read vcf="" and=""><>1],1000000,args[5],1,100000000,include.unknown=TRUE,gffpath=args[2]);##set populationpop1<>3],list(''));pop2<>4],list(''));GENOME.class<-set.populations(genome.class,>1]],pop2[[1]]),diploid=FALSE);##split to genesGENOME.class.split<-splitting.data(genome.class, subsites="">'gene');##查看每一个区间sites##[e-mail]##查看区间位置信息##[e-mail] <>5],times=length([e-mail])));colnames(chromosome)<>'chromosome');##计算TajimaD等neural testGENOME.class.split <-><>1]];tajima_pop2<>2]];tajima<-cbind(tajima_pop1,tajima_pop2);##linkage##genome.class.split><->1]];##FstGENOME.class.split <->1]];Fst<-genome.class.split@nucleotide.f_st  ##pop1&pop2="" nucleotide=""><>1]);###Fst scaleFst<><>'Fst_nuc','Z(Fst_nuc)');##diveristyGENOME.class.split <->1]];  ##pop1##get.diversity(GENOME.class.split)[[2]];  ##pop2diversity <[e-mail];  ##pop1&pop2="" nucleotide="" diversity##rd="" relative="" diveristy(pop1="" diveristy="" pop2="" diveristy)rd=""><>2]/diversity[,1]);colnames(RD) <>'RD');Diversity <-cbind(diversity,rd);##几个参数合并在一起输出sum><-cbind(scaffold, tajima,="" fst,="" diversity);output=""><->5],'stat',sep='.');write.table(sum, file=output, sep='\t', quote=F);

对于多条染色体或者scaffold，for染色体数上面的脚本，最后合并到一起即可。

对于PopGenome和其他软件分析的结果差异并没有仔细研究，有兴趣的可以自己比较一下。

(https://cran./web/packages/PopGenome/index.html)

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