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上一回我们讲到甲基化检测报告的解读。下面我们讲讲如何解读荧光定量PCR报告的报告。本次先讲相对定量部分。 大家都知道荧光定量PCR（即qPCR）分为相对定量与绝对定量两种。区别见下表：
我们提供的相对定量实验报告包含下几部分： “图片文件”文件夹中包含引物调试结果、PCR的扩增曲线和熔解曲线。
下图为引物调试结果。每个样品三个泳道，左为使用第一套引物的产物，中为使用备用引物，右为空白对照。（相关信息隐去） 下图为扩增曲线
下图为熔解曲线
以上三个图供判断本次PCR的条件是否异常。有经验的用户会根据曲线发现问题所在。
“文档”文件夹中包含结果数据的excel文件。 “原始数据”文件夹中包含qPCR的原始数据文件。用ABI 7500或7900的配套软件打开。为方便查看，此文件夹中的原始数据已转换为上述的excel文件。 “附录”文件提供实验条件、qPCR参数等。您想知道的操作步骤和参数都已在里面列好了。 Word文件“上海捷瑞生物荧光定量PCR服务报告书”即为最终结果展示。其中，我们提供原始的Ct值。见下表。 （Ct： 即Cycle Threshold的简写，意为“循环阈值”，是指扩增曲线出现拐点时所对应的循环数）
以及经换算后的最终结果值（RQ，即RelativeQuantification的简写，意为“相对定量”）。见下表。
上表18S为内参基因，表达量都设定为1（无单位）。通常还会将其中某一组设为对照组（本例中为第一行071），将这组目的基因表达量也设定为1，其他组与对照组作对比，比值即为最终表达量RQ值。 附：关于RQ值的计算 RQ值有个著名的公式 RQ = 2^（-∆∆Ct） 如果这个公式不好懂的话请看下面： 算法1：对于指定某个目的基因在第N天的表达量是第0天的多少倍（默认第0天的表达量为1，无单位），计算方法如下： 其中，Ef即为扩增效率（Efficiency）。在相对定量PCR中，默认样品与内参的扩增效率是一致的，所以上下两个Ef是相等的，可以约掉，实际计算中可不考虑。
算法2：对于在同一个时间点，检测基因B的表达量是基因A的多少倍，计算方法如下： 其中，公式中每个CT值都是3个孔的平均值。具体每孔的CT值可在文件夹“文档文件”中对应的excel表格中找到。一般在计算过程中先将3孔的CT值平均后再代入公式进行计算。
其他情况，如“同一基因在不同组织中的相对表达量情况”“同一基因在同一组织中经不同处理方法后的相对表达量情况”等等，算法类似。总之最终都可以用2^（-∆∆Ct）这种方式来表示。 |
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