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lncRNA研究没思路？学好套路课，挥手就是一堆Paper。 世人皆知，现阶段lncRNA火爆RNA领域，对其追捧的科研者数以万计，因而关于lncRNA总归是有说不完道不尽的话题，其研究套路也是层出不穷。 至于lncRNA到底应该如何进行研究，解螺旋酸谈学社所推出的系列课02《lncRNA研究套路》，秉着“文章模块化拆解”的核心思想，剖析经典文献范例，总结出lncRNA研究的标准配备模板。 课程中所讲解的范例文章，是由参与课程内测阶段的800位学员投票选出的。该文章发表于皮肤病学领域排名第一的期刊杂志Journal of Investigative Dermatology（IF=6.287），确实是学习lncRNA研究的经典案例。 为了让学员们更好地领略范例文章的研究套路与文章框架，套路课的第一章则分为四个小节，对其进行详细阐释。 01 首先，通过基础要素体系中的五恒量、三变量来层层拨开文章数据本质，领会文章数据表达的逻辑观点以及脉络思路。 变量中，药物、分子、通路三足鼎立，而分子变量因其变化多端而成为变量中核心所在，lncRNA就是分子变量中一个重要角色。而研究lncRNA首先要掌握的是其在细胞的定位，一般胞浆中lncRNA大多参与ceRNA调节，而核内lncRNA则参与转录调节，把控着基因表达的话语权。 同时，课程中也会从读题猜要素、看图对恒量、分组辨套路、读题识变量、看图解机制、结果推结论、检索探背景、溯源揭创新这八个层次来对文章进行解读。
02 其次，宏观把握文章数据，领会文章数据表达的逻辑观点以及脉络思路。 通常一篇文章的实验研究数据可通过细胞、分子、组织和动物四个维度来展开。如果文章数据四个维度俱全，则可增强文章论证的层次感，提高文章水平；反之如果缺少其中任意一个维度水平，文章论证则会显得不充分，其严谨性会有所下降。
因而，由以上6个Figure可知，范例文章是通过以下4条实验设计路线对文献中所提出的科学假设进行逐一论证，进而形成一个完美的story。
03 基于文章的宏观结构，可从中推演出适合自己开展课题的通用设计方案，把开放式的研究问题转变为填空题，而这就需要从另一个角度来拆解文章数据背后的实验设计逻辑。
由此，可总结出lncRNA研究的通用套路：在经费充足的条件下，高通量筛选lncRNA后对其进行表达验证，随后通过在体内/体外进行过表达/沉默实验验证功能表型，最后锦上添花聚焦一个通路，充分挖掘lncRNA作用的研究机制。
即便如此，课程中所选文章案例研究数据的丰满程度仍有很大的提升空间，因为该文章缺少lncRNA研究的临床相关性数据、lncRNA过表达实验数据，而且针对细胞增殖表型也没有进行多组实验进行相互佐证，文章的逻辑严谨性较低。
04 套路虽简单，创新却很难，如何让所研究的lncRNA与众不同，甚至独具一格，就需要以“筛猜”二字诀来大浪淘金，确定候选lncRNA。现阶段，lncRNA研究的主要研究套路仍是以转录组学筛选候选lncRNA后，采用分子生物学方法进行相关表型和机制研究。
因而课程则会结合参考文献对“筛”分子的套路进行重点讲解。“筛”指高通量筛选，包括基因组学、转录组学、蛋白组学和代谢组学筛选。LncRNA课题筛选主要发生在两阶段：1）转录组学筛选候选分子，2）通过RNA-seq和Genechip方法对lncRNA机制研究进行筛选。
如此消化吸收文献中丰富的高通量筛选策略的精华内容后，可为后续lncRNA研究实践带来极大的帮助。 |
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