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研究miRNA，此工具足矣！ 酸菜老师曾经推荐零基础的学员们把miRNA作为科研入门的引线，因为miRNA的机制简单，作为一个单变量的研究主题还是很适合的，一两分的SCI也可以，三五分的文章也不少，机制做得好，上10分也不是没有可能。 工欲善其事必先利其器，解螺旋的课程里也提到过很多miRNA数据库，例如TargetScan和StarBase。今天再给大家介绍一款研究miRNA的终极核武器——mirDIP（网址：http://ophid./mirDIP/index.jsp ）。 这款工具的搜索功能相当强大，而且整合了多达到30个miRNA数据库资源的信息！笔者表示看到时很震惊。 mirDIP的功能模块 其功能模块主要有3块： 1. Unidirectional search：这部分为自由搜索靶向基因的miRNA和miRNA靶向的基因； 2. Bidirectional search：这部分需同时提供基因和miRNA，预测输入的两者间是否有关系； 3. miRNA-gene matrix：这部分需提供多个基因（或miRNA），预测出能同时与多个基因（或miRNA）作用的miRNA（或基因）。 mirDIP具体使用方法 1.Unidirectional search 搜索框介绍 结果框介绍 2.Bidirectional search 在本例中，我们点击Example search，看看搜索结果： 首先网站会提醒你，你输入的基因名或者miRNA存在格式不规范的问题： 在结果栏，我们可以看到APP这个基因与hsa-miR-17-5p的靶向关系在多个来源的数据中得到验证，那么能够在实验中得到验证的可能性也就更大。 3.miRNA-gene matrix 这部分分为Search gene symbol和Search miRNA两个模块，两部分的使用方法一样，我们以Search gene symbol为例。 这部分的功能为“Search miRNAs targeting a group of genes.”，可以找到一些能同时靶向一些重要基因的miRNA，如此这个查询到的miRNA的重要性就不言而喻了。 数据库的介绍就到这里，学习更多关于miRNA研究套路，欢迎加入解螺旋的课程！ |
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