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科研路上狂奔的盆友 你是否也有过下面这些烦恼:
GEO上下了数据想自己玩玩 却不知道这些基因ID是哪个数据库的 如何识别并且转换成基因官方名称?
公司给了测序/芯片结果, 只提供了一种基因ID(比如ENSEMBL) 但是没有自己心仪的ID (比如Refseq的NM号) 如何转换?
做完KEGG通路富集分析 某通路结果里只有基因的KEGG ID 如何转换成基因官方名称?
如果有过这样的疑问或者感jio 可以试试下面推荐的三个在线工具
(1) bioDBnet https://biodbnet-abcc./db/db2db.php
来自NCI的高级货 界面简洁数据库全面
首先看最基本的ID批量转换功能 此处以从GEO上随机下的一个芯片数据为例 一般下载*_series_matrix.txt 文件 用作后续的分析 此处用 GSE54077_series_matrix.txt Excel打开后 主要获取两个信息 芯片的公司(此处为affi的) 以及下面列出的有表达量的ID (即affi的ID)
这是在线玩GEO经常面临的场景 此时有的科研er甚至就放弃了 甚至因此爱不上科研! 因为没看到基因名字让我怎么分析 此时别慌 把ID_REF里的ID贴入上述工具 进行优雅的转换! 如下图 左边INPUT选affi ID 右边OUTPUT选gene symbol
ID list贴入上述excel里的ID 记住不要选remove duplicate input 不然万一有重复的ID 再把基因名贴进excel时会错行哦 配置之后点提交 看到结果
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