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TF-miRNA-mRNA关联分析 miRNA可通过序列靶向结合到mRNA上行使转录后调控功能。同时，其自身的表达也受到转录因子（TF）的调控，由此便组成了一个miRNA上下游复杂的调控网络。此项分析，可将转录因子，miRNA和靶基因三者作用关系关联到一起，绘制成可视化的网络图，更加直观便捷的挖掘潜在的关键分子。 根据绘图数据来源的不同可分为四类： 1） miRNA与靶基因网络图 仅根据miRNA和mRNA的靶向关系作图，当然这样的假阳性比率相对会比较高。 2） miRNA与靶基因表达相关性网络图 虽然我们贴心的为您提供了多款靶基因预测软件，但是软件预测的还是有一定的假阳性噢。若你手上还有同批样本（记住一定是同批次样本）的mRNA表达量数据，可对miRNA与mRNA的表达量进行关联分析，获得表达相关性（正调控或负调控），结合靶向关系绘制成网络图，其假阳性的比率也会相对降低一些~ 3） TF-miRNA网络图 miRNA的表达受到TF的调控，若你想关注TF与miRNA之间的靶向关系，则可选择TransmiR（http://www./transmir）数据库中相应的物种，设置好参数进行作图，两者之间的调控关系就一目了然啦~！ 4） TF-miRNA-靶基因网络图 你也可以将miRNA与mRNA靶向关系，表达相关性和miRNA与TF的靶向关系整合在一张网络图，探索其复杂的上下游调控关系。 TF-miRNA-mRNA网络图 此外，强大的图表工具和筛选功能，可设置不同的参数来筛选节点进行展示，绘制属于你自己的独一无二的网络图，是不是很棒呢~ 疾病相关miRNA分析 随着miRNA的发现及对其分子功能的解析，已有大量文献报道miRNA在疾病和肿瘤的发生发展，诊断和治疗中发挥着非常重要的作用。我们利用专门的疾病相关miRNA数据库miR2Disease和HMDD对鉴定出的已知miRNA进行疾病注释，寻找与疾病发生相关的miRNA。嘿嘿，是不是很贴心？需要注意的是该项分析只针对人这个物种进行。 你可直接输入miRNA id或者疾病名称进行检索，能够快速查询到该miRNA在其他疾病中临床作用和表达变化情况，研究方法，参考文献等信息。 大家如果还有其他关于miRNA高级分析的需求，可以在下方留言告诉我们，说不定下一个开发的就是你提的分析！ 介绍了两期美吉small RNA云平台，小伙伴们是不是蠢蠢欲动了？是不是非常想知道啥时候可以亲自体验下~ 告诉你哦，近期我们会在QQ课堂上进行美吉small RNA云平台的发布。我们会提前在微信公众号和QQ群中通知大家，请密切关注，千万不要错过啦。 参考文献 1. Cheng F , Jie L , Shaotang Y , et al. Integrated Lung and Tracheal mRNA-Seq and miRNA-Seq Analysis of Dogs with an Avian-Like H5N1 Canine Influenza Virus Infection[J]. Frontiers in Microbiology, 2018, 9:303-. 2. Yan Z , Shah P K , Amin S B , et al. Integrative analysis of gene and miRNA expression profiles with transcription factor-miRNA feed-forward loops identifies regulators in human cancers[J]. Nucleic Acids Research, 2012, 40(17):e135-e135. 3. Hsu S D , Huang H Y , Chou C H , et al. Integrated analyses to reconstruct microRNA-mediated regulatory networks in mouse liver using high-throughput profiling[J]. BMC Genomics, 2015, 16(S2):S12. 4. Wang J, Lu M, Qiu C, et al. TransmiR: a transcription factor-microRNA regulation database[J]. Nucleic Acids Research, 2010, 38(Database issue):D119. 5. Jiang Q, Wang Y, Hao Y, et al. miR2Disease: a manually curated database for microRNA deregulation in human disease.[J]. Nucleic Acids Research, 2009, 37(1):D98-104. 6. Huang et al. HMDD v3.0: a database for experimentally supported human microRNA-disease associations. Nucleic Acids Research 2018 (accepted). |
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