 小L生信日记 编者按： 顾名思义，“小L生信日记”就是小L同学的生信学习日记。相信各位对生物信息学分析都不陌生，它渐渐成为生物医学研究的一项基础手段，受到众多科研工作者的喜爱。 网络上已有的生信学习教程内容大多宽而广，常常会默认读者已经了解许多“常识”。而实际上对于一个完全未接触过生信的小白来说，这些常识简直是天书，是巨大的障碍。在一些老鸟看来，小白们犯的一些错误难以理解、简直好笑，但这却是小白们真实的困惑。 因此“小L生信日记”不多讲晦涩的理论，力求简单详细地记录其学习过程，帮助解决小白们“看过了那么多教程，却依然无法入门生信”的现状。
大家好，我是金特达基因新来的实习生小L，现在正在跟着生信部的小哥哥和小姐姐学习生信分析。 作为一个小白，刚开始很是惶恐~但真正接触之后，发现其实好像很简单 我现在想把自己的生信学习经历公布出来，希望能帮助“和我一样的”小白入门生信，或者初步了解一些生信相关基础知识。
学习生信第一步：linux
在生信学习中，linux 是必不可少的存在。 当小L听到要先学习linux系统时，不禁发出了学渣的疑问:“啊哈，电脑不都是windows系统吗？” 当然不是。小L根据自己的理解简单说一下，linux系统就像windows系统一样是连接电脑硬件（电脑本身）和软件（应用程序）的操作系统，就把它当做另外一个windows好了。  小L刚开始主要是熟悉linux操作环境、学习生信人员常用到的命令及命令组合，为以后的学习做准备。就是下面这些：
1.下载Xshell客户端，建立linux操作环境。 网址： https://www./download/free_license.html 上面的网址可以免费下载Xshell 客户端（下图），按照操作提示进行即可。 2. 打开，登录服务器，会出现以下界面   “zhao…@hpc2”：用户名及服务器 “~”：是指home 目录；如果进入其他目录，符号会发生改变 “$”： 是指普通用户；如果是“根用户”，则是“#” 绿色光标：是指命令输入位置
3. 学习linux常用命令
“mkdir”命令：创建目录 语法：mkdir [参数] [目录名] 范例：为了不影响到公司里其他人的使用，小L要先给自己新建一个目录“xiaoL-test”，输入命令：“mkdir xiaoL-test”  “cd”命令:改变当前目录至指定目录。 语法：cd [目录名] 范例：然后，我们从主目录（~）切换至新建的目录 “xiaoL-test”，输入命令：“cd 目录名/” ，接下来可以看到位置已经切换成功：  大家可以根据情况选择直接在主目录中运行或者像小L一样新建一个目录。
“ls”命令：list的简写，列出目录里的文件和下级目录。 语法：“ls [参数] [目录]” 范例：输入ls，会发现没有任何变化，这是因为目录“xiaoL-test”中没有任何内容  那么，我们可以用上面学到的“mkdir”命令新建一个目录“dir1”，输入命令：“mkdir dir1”，然后再输入“ls”命令，会看到已经新建好的目录“dir1”：  常用参数： -l : long (显示长的完整信息) -a : all (显示隐藏文件) -t : time (按时间顺序排序) -r : 反向排序 范例：输入命令“ls –l”，列出所有目录的详细信息。  “total 4”是指：该目录所占的空间大小（如果目录下有子目录，只包括其meta 信息的大小，不是真正的文件夹的大小） “drwxrwwxr-x”是指：该目录的权限信息 其中：d --- 代表是一个目录 r --- 代表readable，可读 w --- 代表writable，可写 x --- 代表 executable，可执行 “zhao…”是指：用户名 “rd”是指：用户组 “4096”是指：该目录的meta 信息所需要占的空间大小 “Jan 13 19:41”是指：建立时间 “dir1”是指：子目录
“ll”命令：即ls –l，显示的信息更全。 常用选项为：ll –trh -h : 更清楚显示文件大小 -tr : 同ls 
“pwd”命令：显示用户当前所在路径（绝对路径） 语法：pwd [选择性参数] 范例：直接输入命令：“pwd”，可以看到当前所在路径。 
“mkdir”命令：新建目录 语法：mkdir [参数] [目录名] 为了学习后面的命令，我们现在重新使用一遍“mkdir”命令，新建几个目录 范例1：输入命令“mkdir dir1/dir1.1”，会在已有的目录“dir1”下新建一个子目录“dir1.1”，命令完成之后，点击“ls”命令进行查看 范例2：输入命令“mkdir –p dir2/dir2.1”,会新建一个目录“dir2”，并在“dir2”下新建一个子目录“dir2.1”，输入“ls”命令查看（注意其与范例1的区别）： “rm”命令：删除文件/目录 语法：rm [参数] [文件/目录] 参数：-r：逐级递归的将目录和子目录下内容删除 -f：忽略不存在的文件，强制执行 范例：输入命令：“rm –rf dir2”，会强制删除dir2目录及其所有内容；输入“ls”命令进行查看： （警告：linux里面一定谨慎使用rm, 尤其尽量不要使用-rf 参数。Linux里面没有回收箱，删除的文件一般很难恢复，所以建议谨慎使用。）
“cp”命令：即Ctrl C，将指定文件/目录复制到另一文件/目录中 语法：cp [参数] [源文件] [目标文件] 参数：-r：递归复制目录下的子目录 范例：输入命令“cp –r dir1 dir3/”，将目录“dir1”及其下的子目录一并复制到目录“dir3”中 ；输入“ls dir3/dir1”进行查看： （小L这里又新建了一个目录“dir3”，就不展示过程了，你肯定能做到，自己试一试）
“mv”命令：目录/文件的移动 语法：mv [参数] [源文件] [目标文件] 范例：操作和“cp”命令类似，不重复讲解。这里介绍一个应用，“mv”命令还可用于改名，输入命令：“mv dir3 dir2/”,就将目录“dir3”的名字改成了“dir2”；同样，输入“ls”命令查看：
目录与文件 上面的命令大多是目录相关的命令，接下来是文件相关的命令。 注意！此处需要分清目录（directory， dir）与文件（file）。小L起初就是没分清两者的区别，才一直出现错误！！！
“vi”命令：文本编辑器，可在命令行界面下编辑文字。 语法：vi [参数] [文件名] vi有3种命令模式： Command（命令）模式，用于输入命令； Insert（插入）模式，用于插入文本； Visual（可视）模式，用于视化的的高亮并选定正文 范例：输入命令“vi file1”，会自动跳入编辑文本页面，输入文本；此时在“INSERT（插入）”模式，需按“ESC”切换过来； 切换过来之后，输入“：”，光标会自动跳转到末尾，接着输入命令：“wq！”或者“：wq”，即可将文本保存至“file1” 输入“ll”命令，可以看到已经新建了文件“file1”
“cat”命令：查看文件（file）内容 语法：cat [参数] [文件] （注意，不能用来查看“dir”内容） 范例：接下来，我们可以查看上一步骤中编辑的文本，输入命令：“cat file1”，即可查看： 也可以输入命令：“cat –n file1“，可以查看文件”file1“并显示行号：
“more“命令：按屏显示文本文件 语法：more [参数] [文件] 该命令适用于文本内容较多的文件，可以按回车键逐行向下翻，按空格键直接翻下一页，按“b“上翻一页，按“q“退出。
“head/tail”命令：只查看文件的开头/最后几行 语法：head/tail –n [文件] 范例：该命令适用于比较大的文件，输入命令：“head/tail –3 file1”,查看文件“file1”的前/后3行：
linux常见命令就写到这里，相信大家都已经熟悉了linux操作环境，也学会了生信人员常用到的命令及命令组合。 更多linux命令见下面网址： https://bioinformatics./unix-basics/ 想对linux有更深学习的同学，要自己多花时间学习哦~ 接下来就是生信学习第二步，要学习什么呢？ 我们下期见！ 小L |
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