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如何看懂文献里那些图(6)-circos图

 小梦想在努力 2019-01-22
要看懂文献里的图,实际上也不是很难,但夏老师知道,总有你们看不懂的图。比如下面这种,Circos图:


有的童鞋看到这种图头就大了:哇,夏老师,我知道这个是讲染色体啊基因啊相关性啊什么blablabla的……


实际上Circos图,说穿了,就是Excel表格的一种可视化展示方式,如果变成表格的话,大概是这样的:


中间的数值,代表了行与列之间的相关性,比如相关系数啊等等……


当然Cricos图也是有表现形式的,比如,单纯相关性的话,就会用线条表示,线条的粗细代表相关性的数值:



如果这个相关性是有方向性的话,那就会在发出方的线条不接到环上,大概就是这样:



如果上色的话,线条的颜色会使用到达方的颜色,你会发现,有的时候这个条带有粗有细,那是因为表格会有这样的情况:



From A to B的时候,数值是2,而From B to A的时候,数值是5,那怎么办呢,这样的话,就在两端用不同的粗细来表示了。比如上面这个列表的话,就会展示成这样的Circos图:



大概就是这么个意思吧。一般来说,很多基因的远端互作啊,近端互作,会用Circos图来表示,因为外面一圈染色体,这样基因组展示出来比较漂亮,说实话,你未必真的能从里面看出什么门道。


当然,Circos图还有升级版,就是像刚开始我们看到的那张图一样,里面具有不同的Track,也就是分层,意思就是把基因的突变啊,染色体位置啊,表达啊,这些七七八八的东西,都囊括在一张图里展示出来:



图很漂亮,但没什么卵用,根本看不出什么东西来。我们回过头来,看看之前的这张图,这篇文献是doi:10.1016/j.placenta.2013.11.007.讲的是人胎盘转录组的分析。我们把这个Circos图放大一点看,实际上里面有6层Track:



第一层就是染色体,接着几层是基因表达的热图,最里面的相关性联网,就是基于GO的BP分析,将参与相关生物学功能的基因连在一起。


好了,你们大概能看懂了吧?可能有人要问了:哇,夏老师,道理我都懂,但为什么这期是第六期?上次不还是(4)么?嗯,因为中间有2期我忘了用这个标题了,所以上次应该是(5),这次就自然是(6)了。想要看上面这篇文献的话,就回复“公克”(不要在评论区回复)到我星球上去看吧。好了,今天就策到这里吧,祝你们心明眼亮


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