
有的童鞋看到这种图头就大了:哇,夏老师,我知道这个是讲染色体啊基因啊相关性啊什么blablabla的
……
实际上Circos图,说穿了,
就是Excel表格的一种可视化展示方式,如果变成表格的话,大概是这样的:

中间的数值,代表了行与列之间的相关性,
比如相关系数啊等等……
当然Cricos图也是有表现形式的,比如,单纯相关性的话,就会用线条表示,线条的粗细代表相关性的数值:

如果这个相关性是有方向性的话,
那就会在发出方的线条不接到环上,大概就是这样:

如果上色的话,线条的颜色会使用到达方的颜色,
你会发现,有的时候这个条带有粗有细,
那是因为表格会有这样的情况:

From A to B的时候,数值是2,而From B to A的时候,数值是5,那怎么办呢,这样的话,就在两端用不同的粗细来表示了。比如上面这个列表的话,
就会展示成这样的Circos图:

大概就是这么个意思吧。
一般来说,很多基因的远端互作啊,近端互作,会用Circos图来表示,因为外面一圈染色体,这样基因组展示出来比较漂亮,说实话,你未必真的能从里面看出什么门道。
当然,Circos图还有升级版,
就是像刚开始我们看到的那张图一样,里面具有不同的Track,也就是分层
,意思就是把基因的突变啊,染色体位置啊,表达啊,这些七七八八的东西,都囊括在一张图里展示出来:

图很漂亮,但没什么卵用
,根本看不出什么东西来。
我们回过头来,看看之前的这张图,这篇文献是doi:10.1016/j.placenta.2013.11.007.,讲的是人胎盘转录组的分析。我们把这个Circos图放大一点看,实际上里面有6层Track:

第一层就是染色体,接着几层是基因表达的热图
,最里面的相关性联网,就是基于GO的BP分析,
将参与相关生物学功能的基因连在一起。
好了,你们大概能看懂了吧?可能有人要问了:
哇,夏老师,道理我都懂,但为什么这期是第六期?上次不还是(4)么?嗯,因为中间有2期我忘了用这个标题了,所以上次应该是(5),这次就自然是(6)了
。想要看上面这篇文献的话,就回复“公克”(不要在评论区回复)到我星球上去看吧。好了,今天就策到这里吧,祝你们心明
眼亮。