【原】TBtools | 全基因组 - 基因密度统计，充实你的图片

摘要

两张图总结本文，以方便大家确定是否还有看下去的兴趣

写在前面

Emmm... 今天开放一个旧功能，全基因组基因密度统计。虽然是早前就写好的，但我一直没开放，主要是考虑到这个功能感兴趣或者用得上的人不多。没人用的功能，不会是好功能。然而，近日需要写一些 Usage Cases。TBtools 一贯风格是，任何人都能轻松掌握并完成数据处理-分析-可视化。要做让所有人都轻松，确实不是一个简单的事情。于是，我又打了一个GUI，看了下时间.... 十来分钟搞定。以下，分为两部分：

1. 说明这个功能的使用方法

2. 大体说明这个功能的用处

如何使用 Gene Density Profile

输入数据文件：GFF3 或 GTF 文件，即基因结构注释信息
首先，打开 TBtools ，并打开对应功能

随后，设置输入文件，并设置输出文件

文件不大，打开文件看看

一共四列，最后一列即为区域的基因数目，可以用于下游使用

Gene Location 功能上的应用

假定我们有一堆基因要展示其在染色体上的分布，如果使用 TBtools，那么有两种方式，这里不做赘述，其中一种是直接基于GTF/GFF3文件可视化。所需文件：

1. GTF/GFF3文件，正如上述需要的文件

2. 一堆基因ID，如下

使用 TBtools 可视化这些 ID 在染色体上的分布，如下

于是你会得到

看起来还是不错的。
如果这个时候 ，再加上基因密度

那么你会得到

看起来，似乎丰富了许多。

Circos 图上的应用

TBtools 的 Circos 功能目测已经有一些朋友在使用，前述的教程中，需要用户自行基于基因结构注释文件，以及一些简单文本操作，获得基因密度信息。现在则可以直接得到可用于输入的基因密度信息。【注，染色体长度信息，可直接从 TBtools 的 Fasta Stat 功能统计得到】

于是图片如下

一旦有了基因密度信息，那么可以有多重可视化方式，比如，热图 和 柱形图

或者更为复杂一下

我自认为，看起来还不错.....其实这也有彩蛋，Circos 图是支持只展示某个染色体的某个区域，比如，只显示Chr1的最后部分，

于是得到

Emmm... 标签的角度，是我手调的... 毕竟是我写的JIGplot引擎，支持交互操作，想调就调。

写在后面

其实，Gene Density Profiler，感觉上确实没有太大用处，主要还是简化或者降低一些工作量。Emmm... 似乎 TBtools 整体上也是。毕竟没什么特别的，都是通用功能，但常常就是通用的简单的事项，占据了我们 80% 的时间。
总之，TBtools，用过就后悔，后悔没早用。