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南宋的书院已建立起一套比较完备的制度。从办学宗旨、培养目标、教学内容和方式，以及教师的选聘、学生来源及条件、经费筹集和组织管理等，都有了比较明确的规定和比较稳定的条例。朱熹为白鹿洞书院亲手拟订的《白鹿洞书院揭示》(也称《白鹿洞书院教条》、《白鹿洞书院学规》)成为各书院的标准条规，为书院制度化建设作出了重要贡献。
书院的规模进一步扩大，设施也渐趋完备，而且形成了较稳定的建筑格局。一般书院多由祭祀设施、藏书楼、讲堂、斋舍、生活设施五部分组成。讲堂多达十余间，斋舍百余间，容纳生徒和来访者数百人。
书院教育的内容和形式日益充实和丰富，教育特色更为突出和显著。藏书、祭祀、讲学都受到充分的重视，并且形成了相应的制度，创设了较好的条件。
书院的藏书受到广泛的重视。除请求朝廷御颁书籍外，还收藏友朋赠书，并遣人四处购书。专建藏书楼和书库，委派专人掌管。不少书院着手自己编书、刊刻书籍。各书院差不多都成为当地一个藏书最丰富的场所，因此成为一个地区的文化教育中心。
书院的祭祀活动是一项特有的活动内容，也是书院教育的一大特色。祭祀活动似乎带有某种宗教色彩，实际上，通过书院祭祀的对象可以表明该书院的学术宗旨和特点。书院除一般供祀孔孟等先圣先师之外，特别重视供祀周、程、张等北宋的理学大师，表明书院大都与理学有关，是讲理学的书院。不少书院都各有自己特有的供祀对象，多把本学派的创始人，或与该书院有密切关系的代表人物加以供奉，用以提高书院的社会地位，标明或保持该书院的学派特点和学术特色。书院供祀与佛道寺观的祭祀方式也有所不同，不是祈求某些神灵的保佑，而是为人树立某种典型形象，是一种生动的教育形式。
讲学是书院的主要活动内容，也是书院作为教育机构的重要标志。书院的讲学有许多新发展。讲学人可慕名聘请，或书院主持人自讲，还可临时请名人讲演。不同学派可以互相交流、论辩。如：朱熹曾邀请陆九渊到白鹿洞书院讲“君子喻于义，小人喻于利”；黄榦〔gan干〕(朱熹的得意弟子)去庐山访友，曾应邀在白鹿洞书院讲“乾坤二卦”；朱熹曾赴岳麓书院同张栻会讲。名师在书院讲学，听讲者不限本书院师生，外地士子也可前来听讲，如：黄榦在白鹿洞书院讲“乾坤二卦”时，“山南北之士皆来集”。有的书院还曾实行高足弟子代讲。如陆九渊在槐堂讲学时，令弟子邓约礼为斋长，有求见问学者，先令其从邓问学；在应天山精舍讲学时，又以从邓约礼学习的傅子云代讲。名师讲学常把所讲内容整理成讲义，学生听讲也如实边听边记。如：陆九渊在白鹿洞书院讲学的“书堂讲义”，吕祖谦在丽泽书院讲学也有“丽泽讲义”。学生的听讲笔记也常整理总汇起来，如：《朱子语类》140卷，就是辑录朱熹99个弟子的多年听讲笔记而成的。后世教学中教师的讲义和学生的听课笔记大概就是由此沿袭而来的。南宋讲学的优良传统，到明代书院又有进一步发展，成为独具特色的书院讲会制度。
南宋书院数量多、规模大、地位高、影响广，差不多取代了官学，成为当时许多地区的主要教育机构。
南宋书院的勃兴是多方面因素促成的。概括起来，大概有四个方面的原因：
第一，官学的衰落。
庆历以后把发展教育的重点寄托在兴办官学上，然而三次兴学运动均告失败，所存者也仅有学校的形式，而无教育的实绩。
绍熙三年(公元1192年)吏部尚书赵汝愚在一份奏折中指出：中兴以来，朝廷建太学，行贡举，造成“奔竞之风胜，而忠信之俗微”，学校中“工雕篆之文，无进修之志”，“视庠序如传舍，目师儒如路人，季考月书，尽成具文”(《《宋史·选举志》)。
朱熹在《学校贡举私议》中也说：“所谓太学者，但为声利之场，而掌其教事者不过取其善为科举之文”，“师生相视漠然如行路之人，间相与言，亦未尝闻之以德行道艺之实”，学校“又只以促其嗜利苟得，冒昧无耻之心。殊非国家之所以立学教人之本意也”(《朱文公文集》)。
兵部侍郎虞俦〔chou愁〕曾上书指出：“近来州郡之学，往往多就废坏。士子游学，非图啜[饣甫]以给朝夕，则假衣冠以诳流俗。而乡里之自好者，过其门而不入，为教授者，则自以为冷官，而不事事。自一郡观之，若未甚害也，举天下皆然，则实关事体也。”他激愤地说：“朝廷建一官，盖欲使之治一职，苟以为迂阔于事，无补于时，曷不一举而废之！吏禄学粮，犹可省也。”(《续文献通考·学校考》)
北宋的兴学，提高了官学的社会地位，但是官学学生尤其是太学生成为一股强大的政治势力，论陈时政，成为了风气。至南宋时，太学生伏阙上书，干预朝政的声势更加强烈，造成相当大的社会影响和政治压力。如：陈东在钦宗和高宗时曾七次上书，并领导了太学生请愿运动；光宗绍熙五年(公元1194年)太学生汪安仁等200余人上书；宁宗庆元元年(公元1195年)太学生杨宏中等六人上书；理宗淳祐十年(公元1250年)太学生刘黻〔fu伏〕等六人上书。因此，朝廷感到与其发展官学，不如鼓励读书士子在深山寂林创设书院闭门读书、潜心修养更为可靠，至少可以减少许多麻烦。另一方面还有经济上的考虑。北宋兴办官学，上自太学，下至州府县学，一切费用概由官府负担，需要大批经费，而国家经济实力又不足以维持数量众多的学校。南宋时，国家财政更为困难，尽管高宗曾宣称：“朕不惜百万之财以养士”，究竟不免因实际困难而发生动摇。朱熹在《建宁府崇安县学田记》中记叙过州县学经费困难的窘况：“崇安县故有学而无田，遭大夫之贤而有意于教事者，乃能缩取他费之赢以供养士之费。其或有故而不能继，则诸生无所仰食，而往往散去，以是殿堂倾圯，斋馆荒芜。”朱熹感叹道：“然养士之需，至以天下之力奉之而不足，则亦岂可不谓难哉”，总不能老让读书人“岁终裹饭而学于我”吧！因经费困难致使官学时作时辍，难以维持，而自筹经费，置田设学的书院倒有独特的优势，遂应运而盛。
第二，科举制度的腐败。
南宋官学的衰落和科举制度的腐败是互为因果的，在一定意义上说，正是科举制度的腐败，进一步加剧了官学的衰落。因此，南宋许多有志之士对官学的批评多从抨击科举制度的弊病着眼的。
南宋的书院都标榜反对科举。朱熹在复兴白鹿洞书院时，就反复勖勉学生不要参加科举，不要只想做官，不要追求利禄，应当牢记古代圣贤教人为学之意，讲明义理，以修身心，然后推己及人。要像颜渊那样，居陋巷而不改其乐，钻研贤圣经传，只求明诚两进，德业双修，道艺并进。朱熹的许多诗句都贯穿这种精神。
一首称：
曰明诚其两进，抑敬义其偕立。
允莘挚之所怀，谨巷颜之攸执。
彼青紫之势劳，亦何心于俯拾。
(《朱文公文集》卷一)
另一首称：
青云白石聊同趣，霁月风光更别传。
珍重个中无限乐，诸郎莫若羡腾骞。
(《朱文公文集》卷七)
还有一首称：
深源定自闲中得，妙用元从乐处生。
莫问无穷庵外事，此心聊与此山盟。
(《朱文公文集》卷七)
都是提倡和鼓励学生向颜渊学习，追求一种“孔颜乐处”的精神境界。
值得注意的是，南宋学者创书院讲学，读书士子热心于求学书院，不同于唐末五代的士人隐居山林，以避战乱的消极心态。朱熹等人也并非真的超俗出世，而是希望造就具有“德行道艺之实”的人才，以匡正天下，挽救世风世俗。
第三，理学的发展和成熟。
理学的发展和成熟，促进了南宋书院的勃兴。南宋的书院多是宣讲理学的书院，理学成为南宋书院的基本教育内容；南宋的理学主要通过书院进行传播，南宋书院成为研究和传播理学的重要基地。著名学者杨时说：“学而不闻道，犹不学也。”若庸也说：“创书院而不讲明此道，与无书院等。”所谓“道”，即道学之道，也就是理学之道。表明理学与书院的关系是极为密切的。
理学奠基于北宋时期。周敦颐、二程、张载、邵雍等人，反对汉唐经学教育只重章句训诂、笺注，主张为学要讲究明心养性，讲明义理，认为仁、义、忠、信不离乎心，本源于理，正心、诚意、修身为为学之本，必须以《易》为宗，以《大学》、《中庸》为体，以孔、孟为法，构建起理学的基本体系和框架。朱熹以毕生精力完成对《大学》、《中庸》、《论语》、《孟子》的注释工作，合称为《四书集注》，并推崇为“经”的权威神圣地位，标志着理学已进入成熟阶段，朱熹也成为理学的集大成者。
随着理学体系的成熟，也就步入传播阶段，以便广泛扩大理学的影响。书院讲学是传播理学的最好方式和最佳途径，因为书院具有教学与学术研究相结合的特点，书院大都不受或较少受科举考试的制约，便于自由讲授，自由研讨。因此，书院成为研究和传播理学的最理想的场所，成为发展理学的学术教育基地。
理学形成了不同的学派，每一学派都创办了一批各具特色的书院。如：朱熹复兴白鹿洞书院，张栻主讲岳麓书院，陆九渊讲学于应天山精舍和象山精舍，吕祖谦主讲丽泽书院等。他们各以书院为基地传播自己学派的学术思想，实现自己学派理想的教育目标。特别是他们的弟子门人又各创书院，以扩大影响，造成了书院繁盛的局面。
第四，印刷业的发达。
书院以藏书丰富为特征。自学读书是书院教学的一大特色。藏书是书院教育活动的重要内容之一，也是书院教育的悠久的优良传统。
中国的印刷术是世界闻名的重大发明，长期处于世界领先的地位。印刷术的发明，印刷条件的改善，是书院发展的重要条件。王应麟在其所著《玉海》中解释书院时称：“院者，取名于周垣也。”就是说，书院就是指有围墙院落的藏书、校书、读书的场所。书院与书籍是不可分的。
南宋时期，印刷术又有了新的进步，刻版印刷的发展，大大提高了刊印图书的效率和质量。除了官方的刊书机构，大量出现私家书坊，为私人藏书提供了方便。书院藏书的条件得到了保障和改善，并且开创了书院刊印图书的历史。后世图书馆藏书中的珍本书、善本书，一部分就是“书院本”。如：婺源丽泽书院在理宗绍定三年(公元1230年)重刻司马光的《切韵指掌图》二卷；龙溪书院于淳祐八年(公元1248年)刻《陈北溪集》50卷；象山书院于绍定四年(公元1231年)刻袁燮的《家塾书抄》12卷；建安书院于咸淳元年(公元1265年)刻《朱文公文集》100卷，《续集》10卷，《别集》11卷。
图书的大量刊印，有利于图书收藏，也为书院的发展提供了有利的条件。特别是书院刻书业的发展，扩大了书院的社会影响，提高了书院的社会地位，也方便了书院的教学和研究工作的开展和提高，对书院的勃兴起了重要的推动作用。
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