（工具篇）：对方又向你扔了一个神器……

我们在前面几季介绍lncRNA作用机制的时候（比如（文章篇）S3E5：一文掌握LncRNA—蛋白—DNA互作研究方法），提到过lncRNA与蛋白结合这一最为常见的方式，lncRNA与蛋白结合后，lncRNA和蛋白来说可能有各自的意义，比如两者的表达、活性和定位等等。后来我们又介绍了验证两者相互作用的实验，比如RIP，RNA Pulldown等等。今天我们介绍一个数据库，看能否帮助我们研究lncRNA与蛋白的结合。

实际上，我们今天说的这个数据库，完全可用于RNA结合蛋白、RNA（lncRNA，mRNA，甚至是microRNA的前体pri-microRNA）与蛋白结合的预测等：

RNA结合蛋白有关的基金

在看数据库之前，我们简单说一下大部分软件或者数据库预测的原理：模式（pattern）+比对（Blast），即知道A类分子作用的模式，最常见的就是序列互补，然后通过序列比对来预测对应的B类分子，比如：

1. 转录因子靶基因预测，我们知道某一转录因子结合的保守序列的是TCGCAA，那么理论上从转录调控区寻找TCGCAA就可以找到转录因子的潜在靶基因了；

2. microRNA预测靶基因，microRNA种子区（Seed Region）的序列也知道，后面靶基因预测的工作也是根据种子区进行序列比对；

同样的道理，RNA结合蛋白也是这样，如果我们从某一蛋白出发，想预测与这个蛋白结合的lncRNA，我们需要将工作分解为三步骤：

A、这个蛋白是否有已知的RNA结合（识别）结构域？ 

B、这一类RNA结合（识别）结构域的识别序列是什么？C、哪些lncRNA有这些识别序列？

当然，我们说的是纯理论，具体实施的时候会遇到别的问题。好了，我们看介绍的数据库：

RBPDB：The database of RNA-binding protein specificities

数据库的界面包括了根据蛋白和实验检索部分，我们先看RNA结合蛋白部分：

其中RNA结合结构域是我们关心的。

再看实验部分：

其中报道的结合序列是我们关心的，因为：有了结合序列，我们就能比对了！

好了，我们开始看例子：

1. 查找能够结合lncRNA ANRIL的RNA结合蛋白：首先通过lncrnadb数据库（http://www./）找到ANRIL的序列：

然后复制ANRIL的序列到RBPDB数据库首页这里：

然后点击提交，就好了：

还可以对预测到的RNA结合蛋白点击查看：

当然，如果对于一条陌生的功能未知的lncRNA，也可以从这个角度根据lncRNA结合蛋白所参与的功能进行功能注释和挑选。

至于反过来，从蛋白到结合的lncRNA的预测，这个网站没有提供解决方法，以下是三种可能的解决办法：

1. 根据蛋白的结合序列，直接进行Blast。

2. 用我们以前介绍过的数据库，比如：The LncRNA and Disease Database

3. 用上次我们介绍过的ENCODE数据库：

相关文章：

聊基金系列·第九期:  翻译起始因子（六神合体！）

（策略篇）LncRNA调控蛋白表达的第二种方式：蛋白翻译

（文章篇）S3E4：一个LncRNA和基因互相激励的故事

（文章篇）S3E6：一篇蛋白-RNA-RNA互作研究的文章

（文章篇）S4E04：说了你们又觉得在tree new bee的外泌体

（文章篇）S3E5：一文掌握LncRNA—蛋白—DNA互作研究方法

That’s all. Thank you!

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