今天是生信星球陪你的第286天 大神一句话,菜鸟跑半年。我不是大神,但我可以缩短你走弯路的半年~ 就像歌儿唱的那样,如果你不知道该往哪儿走,就留在这学点生信好不好~ 这里有豆豆和花花的学习历程,从新手到进阶,生信路上有你有我!
我们做转录组分析,得到的结果可能是FPKM。但是FPKM确实存在不准确性,推荐使用TPM转录组样本间表达量标准化。 read count和FPKM结果都可以转成TPM,但是因为FPKM跟TPM的计算都考虑了基因长度,所以从FPKM转TPM最方便快捷。 假设原来的表达矩阵fpkm_expr.txt中行为基因,列为样本,中间数值是FPKM计算得到的值 先读取自己的表达矩阵 expMatrix<-read.table('fpkm_expr.txt',header = T,row.names = 1) 其实早已经有人帮我们整理好了 https://haroldpimentel./2014/05/08/what-the-fpkm-a-review-rna-seq-expression-units/
如果要计算TPM值,只需要用一下 tpms <- apply(expMatrix,2,fpkmToTpm) 最后可以根据TPM的特征进行检查,看每列加和是否一致
去简书,获得更好的阅读体验哦😻 初学生信,很荣幸带你迈出第一步。 |
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