R快速区分肿瘤TCGA数据肿瘤样本和正常组织

  大家好，我是小伍，今天是23日，学生一般都返校了，很多学校都忙碌起来了。

  今天给大家分享一个小技巧，快速区分肿瘤样本和正常组织。我们知道 ，肿瘤组织的样本一般都是有-01标志，而正常组织的样本有-11等标志。这时，我就想到了grep函数。

字符串匹配函数：grep()

R语言的包里其表达式为：

  grep(pattern, x, ignore.case = FALSE, perl = FALSE, value = FALSE,fixed = FALSE, useBytes = FALSE, invert = FALSE)

  grepl(pattern, x, ignore.case = FALSE, perl = FALSE,fixed = FALSE, useBytes = FALSE)

  可以理解为搜索字符向量中匹配参数pattern的模型，fixed的逻辑值决定将pattern视为正则表达式或一个文本字符串，若fixed=TURE，则视pattern为文本字符串（精确匹配）；fixed=FALSE，则视之为正则表达式，正则表达式则相当于一种条件，函数返回匹配值的下标；perl=TURE，使用perl风格的正则表达式；value则决定返回的类型是匹配值的下标还是匹配的值。

### grep和grepl的区别在于grep返回的是匹配正确的字符串在 x 向量中的元素下标。而grepl返回的则是逻辑变量TRUE和FALSE。### 如果我们想要返回匹配正确字符的值要怎么办呢？我们可以通过设置grep中的value=T来达到目的。

有了以上基础，下面的事就好办了。

 代码如下：

r1<-colnames(data)

 r2<-grep(pattern = '-01',x = r1,value = T)

data<-data[,r2]

是不是感觉很简单方便，三行代码就搞定所有，拿去不谢。